文档介绍：做了几年的蛋白质结构,结构解析只懂一点皮毛,现在基本改行了。前年为了发文章,自学了pymol,也能做一些图。结构解析自学比较困难,网上资料很少,尤其是中文的软件应用技巧,本文是学****过程中的一些笔记,主要是pymol的,有些部分是从网上搜的网友心得,发到百度文库,供大家参考,希望高手指正,同时表达对热心网友的感谢。
Pymol的笔记 3
软件安装与初始设置 3
Pml格式的右键菜单 3
软件使用难题与Bug 3
单字母标记氨基酸残基Windows用户 3
基本知识 4
景深 4
全屏 4
通用命令 5
例一 5
结构显示细调 5
选择 6
选择原子 6
选择侧链 6
选择骨架上的原子 6
选择钙离子 6
选择范围内原子 6
从选择的原子扩展到残基 6
color 7
彩虹色(反彩虹色用:rainbow_rev) 7
颜色举例 7
label 7
label字体 7
设定label距离 7
label举例 7
label氨基酸残基 7
氢键 8
氢键概念 8
目前使用的氢键做法: 8
各种方法氢键数量比较 8
氢键做法汇总 8
结构叠加比对 9
Align命令用法 9
Wiki中的"align"命令 9
静电势APBS(目前没有大问题) 10
各种静电势方法总结 10
安装 10
精简的步骤 10
分链作图 11
动画 11
Pymol出动画图方法 11
手工抽图方法 11
每帧都被光线追踪 11
友立GIF动画使用 11
Pymol教程与实例 12
合用的教程分类 12
使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较 12
label驴子笔记 12
显示氢键(活性中心) 14
用来寻找配体口袋的残基的一个pymol命令 15
其他结构描述方法 15
Contact table 15
基本知识 15
用CCP4 NCONT 16
用CCP4 CONTACT/ACT 16
Interface 16
用PISA做结合分析 16
计算BSA的软件讨论 16
Ligplot 17
静电势DelPhi(有问题) 17
DelPhi 17
Pymol打开DelPhi电势文件 18
Grasp2打开DelPhi电势文件 18
修结构方法搜集 19
修结构刚开始据说是要先修主链 19
修结构的时候发现侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置. 19
修结构重在整体形象。 19
修结构新番总结 20
过度修正 20
认清身边有毒的朋友 21
高考阅卷得到的收获 23
附录 23
基本知识 23
RMSD(Root Mean Squared Deviation) 23
氨基酸分组方法和代表性颜色 23
Pymol pml文件实例 24
C10 IQ sort 24
图像处理 26
批量裁剪 26
4个大小相同的图片排成一个 26
未整理 26
某人总结的结构解析方法: 26
结构修正时遇到的问题和用到的小tips: 27
分子置换的步骤 28
COOT中添加小分子的方法 28
如何画出氢键 28
Pymol的笔记
软件安装与初始设置
安装python先,在windows7里msi右键中没有“以管理员权限运行”的选项,写一个批处理(.bat文件)来运行msi进行安装,bat文件有这个选项。
.bat文件内容如下:(D:\Temp\,是msi文件的目录,,pyt是为了方便, pymol安装用的msi文件名的简写)
msiexec /i D:\Temp\
新版的pymol安装在python27目录下,pymolrc文件需要拷贝到"C:\Users\YOU",。
如果不能加载pymolrc,,再不行就试运行一次C:\Python27\Scripts\。
Pml格式的右键菜单
后缀名为pml的文件,打开方式可以用普通方法设定。
windows7下右键菜单添加“编辑”,并将“编辑”关联为记事本的方法如下:
在注册表编辑器里,HKEY_CLASSES_ROOT>pml_auto_file-shell下建立新项:edit,mand,值为:
"C:\Windows\System32\" "%1"
软件使用难题与Bug
2013年12月31日在联想E49,,bg_color white设定背景色后,label就不显示了。
单字母标记氨基酸残基Windo