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方法和适用范围-土壤-微生物系统8/8表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统方案2:表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统8/8表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统购买DNA提取试剂盒,如SoilMasterDNAExtractionKit(Epicenter)或UltraCleanSoilDNAIsolationKit(MOBIO)表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统8/8表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统二、DNA定量和质量检测:提取后的DNA使用紫外分光光度法进行浓度和纯度检测。DNA纯度以OD260/OD280比值来反响。当酚/***仿/异戊醇再抽提除去蛋白质或用***抽提去除残留酚,再用无水乙醇积淀,TE悬浮后再测定。当品去处RNA。和定量,应用1%琼脂糖凝胶电泳检测DNA大小及完满度。OD60/OD80OD60/OD280比值<,说明样品存在蛋白质或酚等杂质,可采用平衡比值>,说明样品存在RNA污染,可以用RNA酶办理样表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统8/8表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统三、土壤宏基因组测序将质检合格的土壤DNA随机打断,加接头序列成立测前言库,利用Roche454或IlluminaHiseq系统进行测序反响。表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统8/8表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统四、生物信息解析:原始数据整理、过滤及质量评估:应用中科院青能所自主开发的质量控制软件QC-Chain进行原始测序数据的质量控制,去除低质量碱基和read,并进行污染序列的监控(3)。表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统8/8表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统宏基因组拼接和基因展望:应用鉴于宏基因组数据聚类算法的拼接工具,进行宏基因组拼接和基因展望,如IDBA-UD(4),MetaGeneMark(5)等。群落可视化解析:包括Parallel-META()、MetaSee、Meta-Storm以及Meta-Mesh等工具,拥有群落样本解析,群落样本可视化解析,群落样本比较以及群落样本找寻和数据挖掘等功能。基因功能解析:基因功能说明基因功能丰度差异解析丰度差其他基因GO富集解析丰度差其他基因KEGG富集解析聚类解析(热图)多元统计解析(依照实验设计)鉴于物种丰度解析:稀释曲线Alpha多样性解析物种丰度差异解析聚类解析(热图)多元统计解析(依照实验设计)鉴于群落结构解析:单样品物种分布多样品物种分布ZhouJ,BrunsMA,;62(2):316-,HarperJP,WilloughbyD,RodenEE,,;63(12):4993--土壤-微生物系统表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统20/8表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统ZhouQ,SuX,WangA,XuJ,-Chain:FastandHolisticQualityControlMethodforNext-;8(4):,LeungHC,YiuS-M,-UD:adenovoassemblerforsingle-;28(11):1420-,LomsadzeA,;38(12):e132--土壤-微生物系统表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统21/8表8土壤监测老例测定指标的解析方法和适用范围-土壤-微生物系统