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葛玮珍
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From Weihua Zeng & Ali Mortazavi
Nature immunology
一、RNA-seq试验流程
样品制备
样品检测
文库构建
文库库检
上机测序
1
二、文库类型
RNA
mRNA
DGE文库
真核普通转录组文库
真核链特异性文库
原核链特异性文库
Non-coding RNA
lncRNA文库
Small RNA文库
根据研究对象不一样选择对应的建库措施：
mRNA/lncRNA建库流程
Total RNA
oligodT磁珠富集mRNA
打断、双链cDNA合成
末端修复、加A加接头
片段选择
PCR扩增、纯化
Ribo-zero kit去除rRNA
文库质量检测
上机测序
真核mRNA
原核mRNA/lncRNA
Oligo dT磁珠富集mRNA
Ribo-zero kit去除rRNA
4
产品
厂家
货号
规格
Ribo-Zero Magnetic Kit（bacteria）
Epicentre
MRZB12424
6/24Rxns
Ribo-Zero Magnetic Kit (Plant Leaf)
Epicentre
MRZPL116
6/24Rxns
Ribo-Zero Magnetic Kit (Plant Seed/Root)
Epicentre
MRZSR116
6/24Rxns
Ribo-Zero Magnetic Gold Kit (Epidemiology)
Epicentre
MRZE706
6/24Rxns
Ribo-Zero Magnetic Gold Kit (Human/Mouse/Rat)
Epicentre
MRZG12324
6/24Rxns
Ribo-zero kit去除rRNA
5
Ribo-Zero™ Kit Selection Guide
-sequencing/rrna-removal/ribo-zero-and-globin-zero-kit-selection-guide
6
普通转录组、DGE文库
链特异性文库
7
Small RNA文库构建流程
P
OH
怎样避免降解的mRNA/rRNA等污染：
样品严格质检，RIN值合格。
PAGE胶电泳纯化，回收符合small RNA大小的片段（140-160bp）。
M1 1 1 1 M2
160bp
140bp