单核苷酸多态性研究进展.ppt

文档介绍：单核苷酸多态性研究进展
主讲:张道军
概述






什么是多态性?
通俗的说,多态性就是多种表现形式,具体来说,可以用“一个对外接口,多个内在实现方法”表示。
在生命科学的领域中,可定义为:有两种或两种以上的存在形式。如:①生物体在其生命周期中的不同形式;②遗传多态性发生于基因组群体,表现出由于等位基因受影响而产生不同的基因型,由此形成个体之间的多态性。
单核苷酸多态性
单核苷酸多态性:
定义一:就是指个体间基因组DNA序列同一位置单个核苷酸变异(替代、插入或缺失)所引起的多态性。
定义二:同一物种不同个体基因组DNA的等位序列上单个核苷酸存在差别的现象。
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。
SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异,这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起,也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。
从对生物的遗传性状的影响上来看,cSNP又可分为2种:一种是同义cSNP (synonymous cSNP),即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列,突变碱基与未突变碱基的含义相同;
另一种是非同义 cSNP(non-synonymous cSNP),指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变,从而影响了蛋白质的功能。这种改变常是导致生物性状改变的直接原因。cSNP中约有一半为非同义cSNP。
SNP数量多分布广泛
据估计,人类基因组中每1000个核苷酸就有一个SNP,人类30亿碱基中共有300万以上的SNPs。SNP 遍布于整个人类基因组中,根据SNP在基因中的位置,可分为基因编码区SNPs(Coding-region SNPs,cSNPs)、基因周边SNPs(Perigenic SNPs,pSNPs)以及基因间SNPs(Intergenic SNPs,iSNPs)等三类。
SNP适于快速、规模化筛查
组成DNA的碱基虽然有4种,但SNP一般只有两种碱基组成,所以它是一种二态的标记,即二等位基因(biallelic)。由于SNP的二态性,非此即彼,在基因组筛选中SNPs往往只需+/-的分析,而不用分析片段的长度,这就利于发展自动化技术的筛选或检测SNPs。
单核苷酸部分位点多态性可能增加罹患肝癌和肝癌转移的风险