文档介绍：成绩表
考核作业成绩(70%)
回答问题成绩(30%)
总成绩
Perl程序设计课程考核
院系部门: 生物信息学院
学生专业: 生物信息专业
学生学号: 2009212256
学生姓名: 彭莉
2011年6月
Perl程序设计课程考试大作业
【设置目的】
贯彻实施高等教育的质量工程,深化教学改革,对本课程考试实施改革,以课程大作业形式取代原有的卷面考试;
运用本课程所学知识,掌握Perl和Bioperl程序开发环境的搭建、配置和测试;
熟悉和巩固运用Perl编程实现生物信息学中生物信息的分析处理等实践技能;
【考评方法】
满分100分:(大作业:70分;随机提问回答情况:30分);
合格控制线:(大作业:>40分;随机提问回答情况:>20分),任意一部分不合格则为不合格。
第一题:请问Bioperl怎样安装和配置,请结合文字图表概述Bioperl的安装、配置与测试,并简述该过程中出现问题解决经历(10分)。
一、求解过程
(1)、安装最新版本的ActivePerl--MSWin32-x86-,后启动ppm,见图1-1;
图1-1:启动PPM安装软件
图1-2:per PPM软件包管理界面
(2)、打开后,选择Edit >> Preferences。,添加Bribes的例子见图1-4;
图1-3:模块相应的站点
图1-4:添加Bribes模块的站点地址
(3)、选择View >> All Packages,在搜索框输入bioperl进行搜索,结果见图1-5;这个结果个人觉得有些奇怪,因为搜索结果里面有些包是一样的,我觉得会不会是在不同的站点里存在了同样的包,然后就出现了一些相同的包。
图1-5:搜索Bioperl软件包的结果
(4)、安装相应的包,首先安装BioPerl包,选中BioPerl,右键选择安装,然后按图1-5中右上角的右箭头开始进行下载并安装,其实可以一次性选择所有想安装的模块,然后再一起进行下载安装;不过为了让电脑更好的运行,就分开一个一个进行安装,BioPerl安装情况见图1-6,BioPerl-DB安装情况见图1-7,work安装情况见图1-8,图1-9,BioPerl-Run和Bundle-BioPerl情况见图1-10,BioPerl-BioPerl-,Bio-mGen和Bundle-BioPerl-;
图1-6:安装bioperl完成
图1-7:安装完成BioPerl-DB
图1-8:work
图1-9:work
图1-10:同时安装BioPerl-Run和Bundle-BioPerl完成
图1-11:BioPerl-BioPerl-Core安装完成
图1-12:同时下载安装Bio-mGen和Bundle-BioPerl-,
图1-13:完成所有的模块安装;
(5)、检测安装情况由图1-13和图1-14,可知安装成功;
图1-14:安装BioPerl所在的文件夹
二、心得与体会
第一次装得时候居然没有成功,结果原因是网速不够,再试了一次终于成功了。
第二题:结合图形和程序回答下面问题
、编程实现一个DNA序列文件的酶切位点的分析(包括酶切位点统计、酶切位点的标记和计数,以及可视化输出等,不准用模式匹配知识)(10分)。
实现过程:
#!/usr/bin/perl
print"输入一段序列:\n";
open(FILE,"D:\\perl\\");
***@a=<FILE>;
$string=join("",***@a);
print"$string", "\n";
print "我们将标记每一个酶切位点at:\n";
print" $string", "\n";
$foundAt = 0;
$offset = 0;
$label = 1;
%positions;
while ( ( $foundAt = index( $string, 'at', $offset ) ) > -1 )
{
$positions{ $foundAt } = $label++;
$offset = $foundAt + 1;
}
foreach ( 0 .. length( $string ) - 1 )
{
print $positions{ $_ } ? "|": " ";
}
print "\n";
foreach ( 0 .. length( $string ) - 1 )
{
print $position