文档介绍：钝顶螺旋藻转录组的研究中文摘要目的方法温州医学院硕士学位论文本文旨在利用高通量测序技术�����远鄱ヂ菪�宓淖B甲榻�醒芯浚�测序得到的转录组数据通过���组装、拼接并与蛋白质数据库��、���甈�����和���衎���榷裕�竦玫鞍坠δ茏⑹托畔ⅲ��徊降玫紺�功能分类信息、�功能分类信息、��代谢通路分析结果。在钝顶螺旋藻基因组数据亟待完善的前提下,通过生物信息学方法分析得到转录本信息,用以校正基因组注释信息。在蛋白组实验完成的前提下,与蛋白组数据进行初步整合分析,得到差异条件下表达量发生变化的基因在正常条件下的基因转录信息。本文将为后续的功能基因组、基因的结构与功能关系研究、各种诱导条件下的差异转录组研究、基因表达的分子调控机理等研究奠定基础。培养螺旋藻,收集藻细胞,并用洗涤缓冲液除去杂菌、杂质。螺旋藻样品液氮冻存,液氮研磨后用���浸泡,干冰运送。提取����凶B甲椴庑颍�获得高通量测序结果。用�����组装软件做转录组从头组装,得到����序列,通过与蛋白质数据库�����.��、��和��鯾���榷缘玫骄�有最高序列相似性的蛋白,进而分析钝顶螺旋藻的基因产物直系同源性、基因功能分类以及基因产物在细胞中的代谢途径。使用��治鋈砑��B甲槭�莶�序读长������ㄎ���到基因组序列上,使用��袷阶;蝗砑�������治鋈砑�玫阶B急拘畔ⅲ���U��蜃樽⑹托畔ⅰ4硬钜焯跫���的蛋白组中找到与正常培养条件�B甲椴庑蜓�放嘌�跫�敫谜�L跫�恢�对应的蛋白点,并找到这些点对应的基因,以转录本作库进行���榷裕�竦�这些基因序列在转录本上的位置关系。并且对找到的蛋白点进行跨膜区预测、信号肽预测和蛋白结构域预测等结构分析。拿口木�鄱ヂ菪�逖�稲���一共得到�,����条测序读长���总碱基数���������为�����,���F唇印⒆樽啊⑷コ齡���蟮玫経���为��个。�胋���玌���序列比对到蛋白数据库,得到与给定����哂凶�高序列相似性的蛋白,从而得到该����腃�蛋白功能注释信息。�刻����,
结论温州医学院硕士学位论文最多的功能归类为通用功能�����������ィ�信号转导机制�����������.�%,氨基酸转移与�������.�%,能量产生与转化�������.�%�阉鞅冉系鞍字使δ芊掷嗍�菘���������,得到钝顶螺旋藻����腉�⑹托畔ⅰ1榷越峁�允荆���鮑���与生物过程����有关,��条����胂赴�榉�����有关,对应到分子功能����������腢���有��条。��軰��蛔⑹托畔ⅲ�颐墙�徊降玫経���的����⑹徒峁����龅鞍字式换ネ�纭5弥2斡胩墙徒馔揪逗吞且焐�揪兜腢���为��酰�斡胛焯橇姿嵬揪兜腢���为�条,参与光合作用途径的������酢2⒔�庑︰���定位到转录本上,用��法计算�诨�蜃樯隙ㄎ坏玫阶B急拘畔ⅲ����鲎B急尽=��U��蜃⑹�信息��。存在�智榭觯褐辽俸�且惶趸�蜃樽⑹屯暾�蛄械淖B急�共有��个,与基因组注释序列部分重叠�����淖B急居���觯�还有��鲎B急韭湓诨�蜃樽⑹托蛄心冢���鯫�无对应转录本信息,以及获得未注释到的转录本�个。我们将最后一种情况无对应注释信息的�个转录本与�库�侨哂嗟鞍卓�做���榷裕�玫秸��个转录本的蛋白注释信息。其中�个转录本有至少两个可信的比对结果。�醪秸�系鞍鬃槭�荩�覆榈鞍鬃槭笛榈玫降牡鞍椎悖�⒒袢《杂Φ幕��注释信息���。找到在盐胁迫条件下产生三倍以上表达量变化的点��,��和��,这三个点对应的基因注释信息���依次排列在一个转录本上。生物信息学预测得知��和��无跨膜区结构,也无信号肽结构。��具有信号肽和跨膜区结构的可能性均较低。��和��均具有藻胆体连接蛋白������������结构域、藻胆体连接多肽�������������结构域以及别藻蓝蛋白连接结构域���������������琋��蚓哂性宓ㄌ宓鞍�����结构域。�咄�坎庑蚣际�����������测序仪�梢月�阕B甲檠Х治龅�需要。其覆盖度、测序深度、测序准确度都可以得到保证,为今后��水平的研究提供了有力的技术支持。代谢���表达量。�������������������������
关键词:钝顶螺旋藻、高通量测序、转录组、整合分析温州医学院硕士学位论文�鄱ヂ菪�遄B甲椴庑蚴�萦氲鞍字适�菘鈔����.��、��和��比对得到的蛋白注释信息,通过包括��δ茏⑹停珿�δ芊掷嘧⑹停���代谢通路的分析,获得钝顶螺旋藻基因产物直系同源性、基因功能分类以及基因产物在藻细胞中的代谢途径等信息。�B甲橛牖�蜃檎�戏治龊蟮玫阶B急拘畔ⅲ�梢杂美葱U��蜃樽⑹托�息。一方面可以初步排除未对应在转录本中的注释信息,另一方面可以补充没