文档介绍：Edit by mycobio

1 数据的录入方法:
利用Ntedit直接录入数据
0、1二元数据中的数据缺失记为2。其中列标可以写为样品编号, 栏中写入0、1数据总数, 栏中写入样品总数。文件另存为*.nts格式。
从excel表中直接读入数据
Excel表中输入数据格式如下图。A1必须为1,B1为0、1数据总数,C1为样品总数。
打开Ntedit程序,选择从Excel表输入,结果见上图。文件另存为*.Nts格式
Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件(由phylip和phytool产生)
DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析,但好像用的人较少。建议大家使用phylip或者其他的软件。DNA序列数据在Excel中输入格式如下:
其他数据的Excel输入如下
2 聚类分析
Ntsys-
以下以图中数据为例介绍聚类过程:
首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。Coefficient通常选用SM 或DICE,结果输出到另一文件。
以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算,聚类分法选用UPGMA,ties选用FIND,Maximum no. tied trees至少大于样品数。
Njoin程序组界面如下,rooting method可以选用Outgroup,但需输入外元。
将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算
得到树图如下
.
一致性分析:
可以用Clustering中的consens程序进行,两个不同文件分别输入;同一文件中不同的进化树之间的分析,则只输入到input tree1 file即可。通常多选用MAJRUL方法
其他数据的聚类方法与此类似,在此不再赘述。
这是很久以前整理的,最早贴在这里,有兴趣的可以看看。
/post/view?bid=10&id=1354147&sty=1

NTSYSpc软件的使用:
(1) 利用NTSYS软件计算品种间遗传距离
,,保存为Microsoft office 。Excel文件格式设成软件识别的模式,即A1=1,表示出现等位基因;B1=132,表示等位基因数,C1=189表示品种数;D1=0表示不出现等位基因。从A3开始,在第一列标上所有的SSR引物,从B2开始,第二行标上所有的品种名,由此得到一个数据矩阵。
,选择file→edit file,,,点击file→sale file as选项,将导入的Excel文件转换为软件识别的格式,命名为A-。
“Similarity”,点击“ic distance”;在Input data file中输入A-;在Output file