方差膨胀因子分析-Weebly.ppt

文档介绍：用vegan进行排序分析
米湘成
一、vegan软件包
是Vegetation analysis的缩写。是一个群落分析的软件。
作者:Jari Oksanen
/~jarioksa/softhelp/
>library(vegan)
群落数据
>gtsdata=(“”,header=T);
>gtsdata
>dim(gtsdata)
CASEYR SCHSUP DAPOLD PINMAS CINSUB CYCGLA MACTHU LITGLA CASFAR MELOLD MYRRUB ADIMIL ALBKAL SORFOL CYCMYR TOXSUC CASTIB
1 22 3 8 1 0 9 0 9 0 1 1 0 0 0 0 1 0
2 10 8 4 0 4 12 0 3 0 0 1 4 0 0 0 2 0
3 4 2 7 0 4 25 0 4 1 0 1 0 0 0 0 1 0
4 22 2 9 0 12 5 1 5 10 1 0 2 0 0 0 0 7
5 11 5 3 0 8 5 3 2 4 0 0 3 0 0 0 0 2
6 3 7 1 0 8 6 3 0 1 0 0 3 0 0 0 0 0
7 15 5 2 0 6 5 3 0 0 0 1 4 0 0 0 2 0
8 14 5 9 0 6 11 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9 26 3 11 1 4 11 0 6 0 0 1 3 0 0 0 2 0
10 23 5 9 1 2 11 0 8 0 0 0 5 1 0 0 0 0
11 14 2 4 1 1 3 3 20 0 0 4 2 1 0 0 1 0
12 12 7 5 0 12 1 1 5 0 3 1 2 0 0 0 0 0
13 4 5 10 0 6 0 6 0 2 0 0 0 0 0 0 0 4
14 4 2 1 0 0 2 5 2 0 0 0 0 0 0 3 1 3
15 3 2 2 0 6 1 4 1 0 0 1 0 0 0 4 0 4
16 14 4 4 0 5 5 4 0 0 0 0 1 1 0 3 0 0
环境数据
>gtsenv=(“”,header=T);
>gtsenv
>dim(gtsenv)
elev convex slope aspect N P K pH
1 -
2 -
3
4
5
6
7
8 -
9 -
10 -
数据的标准化
1. decostand(x, method, MARGIN, , = FALSE)
total: 除以行和或列和(default MARGIN = 1);
max:除以行或列的最大值(default MARGIN = 2);
freq:除以行或列的最大值,并乘以非零值的个数(def