文档介绍：前言点阵分析(dot-matrixanalysis),是指将两条以上核酸或氨基酸序列分别列示于纵横坐标,在同一位置上出现相同符号并形成连线,以揭示序列中重复片段或两条序列同源性的方法。16sRNA是原核生物核糖体小亚基上的RNA,这段RNA序列在不同的细菌中的结构、功能都具有高度保守性,完成测序后通过点阵分析可以确定其同源性比较、用于细菌的系统分类鉴定、多样性和亲缘关系分析等。虽然相对保守,但在不同的微生物中,16sRNA基因序列还是存在差异的,一般来说,16sRNA序列越接近,菌种关系越近,同源性越大;反之,16sRNA序列差异越大,同源性越小。而本文主要利用点阵分析的方法对不同菌种的16SrRNA基因进行局部比对,通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点,寻找两者可能的分子亲缘关系,以及进化途径的关系,从而为生物进化的研究提供理论基础。内容在窗口值为50,阈值为80的情况下,对细菌(变形链球菌、运动发酵单胞菌、霍乱弧菌、嗜热脂肪土芽孢杆菌、海氏肠球菌)、古生菌(硫磺矿硫化叶菌)以及真核生物线粒体(爪哇根结线虫线粒体)16sRNA两两序列间的点阵分析如下:()1-(usmutans与Viibriocholerae)1-(usmutans与Geobacillussrearothermophilus)1-(ushirae)1-(usmutans与mitochonddrionmeloidogynejavanica)1-(usmutans与Sulfolobussolfataricus)1-(mitochonddrionmeloidogynejavanica与Sulfolobussolfataricus)m-s结果变形链球菌-远动发酵单胞菌:变形链球菌129~190、580~640、710~770处的碱基分别于运动发酵单胞菌180~255、630~705、800~860处的碱基大致相同;相似性较高,亲缘关系较近,分子进化关系较近;变形链球菌-霍乱弧菌:相似性一般,亲缘关系一般,分子进化关系一般;有相似序列如变形链球菌160左右、600~641处的碱基分别与霍乱弧菌217左右、649~679处的碱基大致相同;此部分序列可能对基本生命活动来说不可缺少或者有相似的功能。变形链球菌-嗜热脂肪土芽孢杆菌:相似性较高,亲缘关系较近,分子进化关系较近;此部分序列有明显的相似序列如变形链球菌129~193、340~380、740~810处的碱基分别与嗜热脂肪土芽孢杆菌180~259、390~431、835~905处的碱基大致相同;有几处直线断裂,说明进化过程中可能有碱基的突变或者小片段染色体的缺失。变形链球菌-海氏肠球菌:相似性很高,亲缘关系很近,分子进化关