16Srna序列分析比对.doc

文档介绍：16Srna序列分析比对
研究目的:

实验工具:
利用点阵分析方法可以找到两个序列之间的所有可能的残基匹配,以及两序列之间的遗传重组现象,用Vector NTI 8 软件进行双序列局部比对,设计窗口值为5,阈值为100进行点阵分析
实验材料:
16S中的"S"是一个沉降系数,亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标,值越高,说明分子越大
大小
界
门
纲
目
科
属
种
16S RNA1
849
细菌
厚壁菌门
乳酸杆菌目
链球菌科
链球菌属
变形链球菌
16S RNA2
924
细菌
变形菌门
变形菌纲
鞘脂单胞菌目
鞘脂单胞菌科
发酵单胞菌
运动发酵单胞菌
16S RNA3
762
细菌
变形菌门
丙型变形细菌纲
弧菌目
弧菌科
弧菌
霍乱弧菌
16S RNA4
910
细菌
厚壁菌门
芽孢杆菌目
芽孢杆菌科
土芽孢杆菌属
土芽孢杆菌
16S RNA5
1007
细菌
厚壁菌门
乳酸杆菌目
肠球菌科
肠球菌属
海氏肠球菌
melmttrna
807
真核生物
后生动物门
线虫纲
垫刃线虫目
垫刃总科
根结线虫属
爪哇根结线虫
sulfolobus
1496
古生菌
泉古菌门
热变形菌纲
硫化叶菌目
好热好酸菌科
硫化叶菌属
硫磺矿硫化叶菌
其中变形链球菌、运动发酵单胞菌、霍乱弧菌、嗜热脂肪芽孢杆菌、海氏肠球菌属于细菌界,而硫叶菌属于古生菌,爪哇根结线虫属于真核生物。
一、原核生物和古生菌的比对:
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海氏肠球菌和硫磺矿硫化叶菌比对结果:
二、原核生物和真核生物的比对: