文档介绍：PCR扩增失败的原因分析  2010-12-1316:48:31|  分类: 默认分类|字号 订阅PCR扩增失败原因分析,PCR产物电泳2010-05-1516:07一模板质量问题:    1)模板提取不完整,其中不含你的目的基因,或目的基因含量太低。可以跑个电泳看看提取的DNA,PCR阳性样品与阴性样品是否有明显差别。如果确定是这种问题,可以增加模板量试试,但不一定行得通。2)模板里面残留某种试剂成份,可能抑制Taq聚合酶的活性,如果是这种情况,可以用试剂盒把模板再纯化一下,或将模板做个梯度稀释以确定最佳的模板量。  3)为什么跑电泳会出现拖带呢?      。电泳跟很多因素有关,其中就有一个是电压,在适当的电压范围内增加是可以加快迁移速率,但是要是超到一个临界值反而有害。你可以适当的调低点看看。     。你看能否回收之后,按1:50或1:100等稀释后,再当成模板扩一次怎么样。二引物问题   1)样品自身的基因型差异导致扩增失败。也就是说你的引物与某些基因型的样品结合的好,而和另一些基因型结合不好。可以换一对更保守的引物试试。祝顺利!    2)普通PCR所用的一对引物中有一个引物加多了,为正常的三倍只要引物特异性比较好,那么不会产生大的影响。如果恰巧是加多的这条引物不是很特异的话,也许会扩出来非特异带。在制备单链探针时候就采取这样的不对称pcr,没关系的三   Taq酶处于失活状态。因为活性降低了能出现二聚体。tap酶种类      高特异性Taq酶   高度特异性地扩增所需的片段是PCR最基本的要求,影响PCR特异性的因素很多,包括模板、引物性质及质量、反应条件的控制等等,而高特异性Taq酶的出现大大减少了摸条件这一繁琐的实验过程,也为PCR产物快速有效的纯化(PCR产物直接纯化)打下了基础。这类酶最典型的代表是热启动Taq酶。大家都知道,在PCR第一个循环变性之前,有一个升温的过程,引物和模板会有一些非特异性配对,如果这时Taq酶发挥活性,就很容易产生非特异性扩增,由于循环初期模板量非常少,产生的非特异性条带经过后面的指数扩增,就会严重干扰目的片段的扩增,甚至导致特异性条带不能扩出。而热启动Taq酶是必需经过高温才能激活的酶,因此在初始循环的变性之前它没有活性,不会产生非特异性扩增,这就大大提高了PCR扩增的特异性。第一代热启动Taq酶往往直接在Taq酶上做一些修饰,比如用抗体抑制,蜡封等,如Clontech、Stratagen、Gibcol-LTI的一些产品,由于抗体、蜡等异物的掺入,对实验造成一定的影响,也给试验者带来一些不便。新一代的热启动Taq酶是通过内部改造的重组酶,真正实现便利的热启动,代表产品如QIAGEN公司的HotStar系列,无需别的辅助抑制物,也不用担心抑制不稳定,使用起来方便、高效。此外,由于几乎所有的Taq酶产品都带有相应的反应缓冲液,缓冲液的品质也对保证Taq酶特异性扩增起着不可忽视的作用,一般的缓冲液中调节H键作用的盐只有KCl,QIAGEN公司的缓冲体系通过KCl、(NH4)SO4盐离子体系的平衡调节也提高了酶作用的特异性。  此外,热启动的Taq酶也是实现一步法RT-PCR的基础。如QIAGEN公司的OneStepRT-PCR试剂盒,在RT反应较低温度下,Taq酶没有活性,逆转录酶发挥活性;RT反应结束,高温灭活逆转录酶的同时,激活Taq酶,进行PCR反应。另一家公司Epicentre有一种MasterAmpTMTthDNA聚合酶,本身就具有逆转录酶活性,也可用作RT-PCR。高保真Taq酶  下游应用为基因筛选、测序、突变检测,分子诊断等等的用户,往往对PCR保真性要求很高,保真性的一个通用标准是错配率,错配率越低保真性越好。普通Taq酶的错配率在2-5X10-5碱基/循环数,而高保真Taq酶错配率可达10-6数量级,大大降低了出错的可能。其原理主要是因为高保真Taq酶具有3'到5'核酸外切酶(Proofreading)的活性,扩增途中如果产生了错配的碱基,它可以将其切掉,从而保证了扩增的准确性。需要提醒用户的是由于此酶具有核酸外切酶功能,往往扩增效率低一些,有的还容易降解引物,且产物一般不宜用TA或UA克隆法克隆。目前市面上主要有两类产品,一类是混合型的高保真酶,将带有Proofreading活性的酶与普通Taq酶(用于提高扩增效率)混合起来,错配率在8-9X10-6碱基/循环数。Clontech、LTI等公司都有此类产品。如果要求更高的保真度,就要选择单一型的高保真酶,如Stratagene的Pfu,NEB公司的VentDNA聚合酶,-5碱基/循环数;QIAGEN公司新推出的ProofSt