文档介绍：中国农业科学 2012,45(19):4075-4083
Scientia Agricultura Sinica doi: .0578-
母猪初情期全基因组关联分析和位置候选基因研究
李平华, 李杰, 杨竹青, 张志燕, 杨斌,陈从英
(江西农业大学动物生物技术国家重点实验室培育基地,南昌 330045)
摘要:【目的】分离影响母猪初情期的主效基因或分子标记。【方法】以白色杜洛克×二花脸资源群体 F2 代母
猪为研究材料,利用 Illumina 猪 60K SNP 芯片分别对 F0 和F1 及 316 头有初情期表型记录的 F2 代母猪进行基因型
判定,通过单标记全基因组关联分析(GWAS)和连锁-连锁不平衡(LDLA)分析检测与母猪初情期显著关联的 SNP
位点或单倍型。采用标准关联分析、标记辅助关联分析和 F 值下降检验分析 lin-28 同源 B 基因(LIN28B)和跨膜
蛋白 38B 基因(TMEM38B)3 个 SNP 位点与母猪初情期的关联性。【结果】①与母猪初情期关联性最强的 SNP 为
ASGA0032316,位于 7 号染色体(SSC7) Mb 处 RAB23 基因内含子中,同时在 1、6、12、15 和 17 号染色体
也检测到与母猪初情期显著关联的 SNP;②达基因组显著水平的单倍型均位于 SSC7,其中关联性最强的单倍型位
于 SSC7 的 - Mb 处 F1RVR7 和 ZFAND3 基因之间的基因间隔区;③LIN28B 和 TMEM38B 基因的3个SNP
与母猪初情期均未达到显著相关(P>)。【结论】在白色杜洛克×二花脸资源群体中,与母猪初情期关联性最
强的 SNP 位点和单倍型均定位于 7 号染色体, 1、6、12、15 和 17 号染色体也定位到与母猪初情期显著关联的 SNP,
LIN28B 和 TMEM38B 基因不是 1 号染色体 QTL 区间内的因果基因或需要搜寻更多的 SNP 进行分析验证。
关键词:母猪初情期; 全基因组关联分析; 连锁和连锁不平衡分析; 位置候选基因
Genome-Wide Association Study and Positional Candidate Gene
Analysis on Age at Puberty of Gilts
LI Ping-hua, LI Jie, YANG Zhu-qing, ZHANG Zhi-yan, YANG Bin, CHEN Cong-ying
(Candidate of National Key Laboratory for Animal Biotechnology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang 330045)
Abstract: 【Objective】Isolation and characterization of the causative gene or molecular marker for age at puberty will
contribute to t