文档介绍：￥综
述￥
《癌症进展》2叭2, 53
全基因组关联分析在消化道肿瘤中的研究进展△
管延蒙陈锦飞#
南京医科大学附属南京第一医院肿瘤科,南京210006
关键词:全基因组关联分析消化道肿瘤遗传易感性危险度评估
中图分类号:R735
文献标识码:A
0
引言
1
GWAS在不同消化道肿瘤遗传易感性中
的研究
全基因组关联分析(genome-wide
association
study,GWAS)是一种对全基因组范围内的常见遗
近几年GWAS在消化道肿瘤领域中的研究结果
传变异——单核苷酸多态性(single
nucleotide poly—
公布不断增多,其中报道最多的是结直肠癌[6。2¨,
morphism,SNP)和拷贝数变异(copy
number vari—
其次是胃癌‘拉241和食管癌‘拄26|,同时也涉及以往
V)进行总体关联分析的研究方法…。它
少有研究的恶性肿瘤——胰腺癌‘弘291和肝癌‘3
基于DNA是可遗传的且和临近的等位基因从上一
2005年报道了33个SNP与食管鳞状上皮细胞癌
代传递给下一代这一理论。国际人类基因组测序完
(esophagus
squamous
cell
carcinoma,)相
成,单体型图谱工程的完成和经济高效的高通量基
因分型技术的开展,使得全基因组范围内筛检与疾
病相关的序列变异成为可能,GWAS不需像以前的
关[31|,但是由于样本量小和GWAS技术的限制,
没有具体到某一个SNP,随后陆续报道了十余个消
化道肿瘤相关的易感位点(表)。
研究一样去构建假设,而可以在病例和对照中比较
结直肠癌
全基因组范围内所有变异的等位基因频率,从中发
现与疾病相关联的序列变异心‘3 J。一个标准的
GWAS,需要选择正确的性状,选择好研究设计的
类型以及对照H1。GWAS研究设计类型有单个阶段
研究、两个阶段研究和多阶段研究设计[2],其统计
分析的基本原则是减少系统偏倚和加大研究强度,
譬如进行强有力的SNP设定分析【4 J。2005年,
Klein等利用Affymetrix 100K的基因芯片对年龄相
关性视网膜黄斑变性进行了GWAS,其结果首次在
《Science)>杂志上发表∞1,自此以后越来越多的
GWAS研究结果陆续发表。本文仅就GWAS在消化
早些发表的相关GWAS主要来源于西方人群,
并以多个阶段研究设计为主的病例对照研究∞{J。
以上研究的危险等位基因频率都很低,其OR值从
~。至今已经报道了12个以上的易感
位点和(或)区域(表)。8q24上rs6983267是研
究最早的变异位点,2007年英国和加拿大研究组同
时发现并公布M‘7|。其中加拿大研究组还发现
rs6983267与rsl0505477在同一个连锁不平衡
(1inkage disequilibrium,LD)区段内,并存在高度
LD(12=)"J。同时,有学者报道了8q24是前
列腺癌和结直肠癌的共同的易感区域[8 J。随后的多
道肿瘤领域的研究进展作一综述。
篇GWAS同样验证了此结果[9d
△基金项目:国家自然科学基金资助项目(项目编号:81071641);江苏省自然科学基金(项目编号:BK2010120);南京市科技计划
(项目编号:201001099)
”通信作者(Corresponding author),e—mail:******@
万方数据
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‘癌拄进展)2012年1只第10卷第l期
英国研究组验证了SMAD7基因与结直肠癌的
关联性,此基因上的rs4939827、ral2953717和
ra4464148与其相关,其中rs4939827具有最重要的
染色体
基因
位点
OR值
统计学意义”“。这个基因后续在不同的人群中验
””J。研究还发现这三个
SNP与女性结直肠癌相关,而不完全与男性结直肠
癌相关,这些数据为这三个遗传变异体作为女性患
有结直肠癌的标志物增加了依据”…。而最新一项
研究评估了上述三个易感位点与结肠癌的关系,发
现rs4939827和m12953717与结肠癌相关,
ra4464148与结肠癌不相关””。
Meta分析发现了四个未曾公布的与结直肠癌有
关的易感位点:(rs4444235,BMP4)、
(r89929218,CDHI