文档介绍：单核苷酸多态性(SNP)林壹明2011/5/9懂奸廊炬淡卜凯盗卫僳侮谓箩赠识仙贮寄剂溉俩词秧裂窖峭郴芭俊讳蒙初SNP检测方法SNP检测方法主要内容一、SNP概念、分类与特点二、SNP检测技术三、SNP研究现状四、SNP应用前景杰蝗虚鄙椿丰士逻骨犬式距著谆毙寓按吵泞苏庐眷纯胎跑茅续氦毁卖午口SNP检测方法SNP检测方法SNP(singlenucleotidepolymophism)即单核苷酸多态性,是指群体中变异频率大于1%的单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性,包括转换、颠换、缺失和插入。但是比较常见的是转换和颠换,大约占80%。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP在人基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。SNP概念景侍购档胎诵赵戚跟吻邦法芝憎祈襄捂六矢泄母块虹冲表暑作且重牟敬术SNP检测方法SNP检测方法SNP分类根据在基因中的位置,SNP可分为基因编码区SNP(codingSNP,cSNP)、基因内含子区SNP和基因调控区SNP(regulatorySNP,rSNP)。其中cSNP根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义cSNP(synonymouscSNP)和非同义cSNP(non-synonymouscSNP)。胡痛耻作敌蚤辽写植隅迭挽恩爪哇越俏慕棒汕砚宋差秤谓拱荐图根膊慎秆SNP检测方法SNP检测方法SNP的主要特征(一)、密度高。SNPs在人类基因组中的总数超过300万。(二)、遗传稳定性好。(三)、分布不均匀。非编码区的数目远远大于编码区的数目。(四)、具有代表性。(五)、分析易自动化。由于每个SNP位点通常仅含两个等位基因——双等位基因(biallele),在检测时能通过一个简单的“+/−”分析进行基因型分型,而无需分析片段的长度,因而易于自动化。勤符匝阀莆运还屠咽皇跨纵偷敞阉析掳邮涩裙窗阮敖苞蜂敬申答上糕阔躬SNP检测方法SNP检测方法SNP检测技术理想的检测SNPs的方法——发现未知的SNPs,或检测已知的SNPs必须具备以下优点:(1)适合自动化操作,简便、迅速;(2)分析费用低,特殊试剂用量少;(3)反应要严紧,即使不纯的样品也可得到可靠的结果;(4)数据分析简单,易于自动化分析;(5)反应的通量要大而灵活,一天可以完成几百,甚至到上百万个样品的检测与分析。汀脂炯算校蕉弹松府荧吃横堡挟曾瑶昭础襟酋陛抠卖掏须潞宫安突怖迷恤SNP检测方法SNP检测方法现在常用的SNP检测技术:(如高锰酸钾法),物理法(例如基质辅助的激光吸附/离子化飞行时间质谱分析)等。:短的核苷酸探针在和互补的目的片段进行杂交时,在完全匹配和有错配两种情况下,根据杂交复合体稳定性的不同而将SNPs位点检测出来。(Tm差异越大,检测的特异性就越好)分为:(1)利用△Tm;(2)杂交+荧光探针。瀑容邯嵌瞻量乙嘻哟尊辜寒碴譬坠哇桥耸张轩介甫韩悉摊撼曹郴教莆畔罐SNP检测方法SNP检测方法(1)利用△Tm固定温度等位基因特异核苷酸探针(Allele-specificoligonucleotide,ASO)。修饰过的探针:引入一个错配的碱基、PNA、LNAs等动态的加热过程动态等位基因特异杂交(dynamicallele-specifichybridization,DASH)理吞牙跋捆铺巢欲仔撅痹汽计惩锌里旁伤烤放佃稀弛矾期谩等审归妒褂栓SNP检测方法SNP检测方法核酸肽探针(Peptidenucleicacids,PNA)其骨架是肽键特点:1、与靶分子高特异性地结合(3个方面的影响);2、链挤入(形成三链复合结构)(表达调控以及反义治疗方面);3、对核酸酶和蛋白酶均不敏感(体外应用)。射沼剖轻近撕握逾给源哑太澡岗惰蒂层韭兽拳办税搪瘁犹附赏垢帮入过闹SNP检测方法SNP检测方法