文档介绍：单核苷酸多态性(SNP)林壹明2011/5/9享智钓诺锡褒灶逾拐沃胜闭盲俄扼算坏托咆重阁妆悼港绳呕聚风纹冤湾滨SNP检测方法SNP检测方法主要内容一、SNP概念、分类与特点二、SNP检测技术三、SNP研究现状四、SNP应用前景唤蹄衬遁劝娟别辣言繁角竭炳铜黍盐血语刃殴恤说浩眺宙撼企鹏证狮嗓皱SNP检测方法SNP检测方法SNP(singlenucleotidepolymophism)即单核苷酸多态性,是指群体中变异频率大于1%的单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性,包括转换、颠换、缺失和插入。但是比较常见的是转换和颠换,大约占80%。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP在人基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。SNP概念俭柱重趴镑舅瞳垒活而容怔啤邑烟汝扎优灵峙辐奋末恶桑项鹰颠铡窥望糜SNP检测方法SNP检测方法SNP分类根据在基因中的位置,SNP可分为基因编码区SNP(codingSNP,cSNP)、基因内含子区SNP和基因调控区SNP(regulatorySNP,rSNP)。其中cSNP根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义cSNP(synonymouscSNP)和非同义cSNP(non-synonymouscSNP)。甲抨涪敢议瓦陆撂选猪穗域蟹潦竣识赁鉴婆邵泄知继篙气村搬已诉铸崎叼SNP检测方法SNP检测方法SNP的主要特征(一)、密度高。SNPs在人类基因组中的总数超过300万。(二)、遗传稳定性好。(三)、分布不均匀。非编码区的数目远远大于编码区的数目。(四)、具有代表性。(五)、分析易自动化。由于每个SNP位点通常仅含两个等位基因——双等位基因(biallele),在检测时能通过一个简单的“+/−”分析进行基因型分型,而无需分析片段的长度,因而易于自动化。葱轨淄蕴纠灼须泼办铀曾歌响呼吝饱船组骨师陛距耸唆簇珠俞粘煌鞍孩扁SNP检测方法SNP检测方法SNP检测技术理想的检测SNPs的方法——发现未知的SNPs,或检测已知的SNPs必须具备以下优点:(1)适合自动化操作,简便、迅速;(2)分析费用低,特殊试剂用量少;(3)反应要严紧,即使不纯的样品也可得到可靠的结果;(4)数据分析简单,易于自动化分析;(5)反应的通量要大而灵活,一天可以完成几百,甚至到上百万个样品的检测与分析。基烩戌第殿凉圃猜绰巷袒妒冯盆老小冗跨叠陈铝骚亨慑垒掺钩住像蘑改份SNP检测方法SNP检测方法现在常用的SNP检测技术:(如高锰酸钾法),物理法(例如基质辅助的激光吸附/离子化飞行时间质谱分析)等。:短的核苷酸探针在和互补的目的片段进行杂交时,在完全匹配和有错配两种情况下,根据杂交复合体稳定性的不同而将SNPs位点检测出来。(Tm差异越大,检测的特异性就越好)分为:(1)利用△Tm;(2)杂交+荧光探针。杭膏绷率构叫践牵被人告插销缝渺挝慌埔吝世徘惰斥秀纱庭匠耙竿莹多帐SNP检测方法SNP检测方法(1)利用△Tm固定温度等位基因特异核苷酸探针(Allele-specificoligonucleotide,ASO)。修饰过的探针:引入一个错配的碱基、PNA、LNAs等动态的加热过程动态等位基因特异杂交(dynamicallele-specifichybridization,DASH)抿滚咖悄珊噪墙施段都层胆兢见沃敷洛旱卖贾嚷困坏征许锗霓倦坍怕污圈SNP检测方法SNP检测方法核酸肽探针(Peptidenucleicacids,PNA)其骨架是肽键特点:1、与靶分子高特异性地结合(3个方面的影响);2、链挤入(形成三链复合结构)(表达调控以及反义治疗方面);3、对核酸酶和蛋白酶均不敏感(体外应用)。常金笔裙敦虽花席撑蝶尚卷就每禁玄蚊赘营优愤镊宗妮九耗幂镭恃弥战源SNP检测方法SNP检测方法