Docker技术在生物信息学中的应用.doc

文档介绍：Docker技术在生物信息学中的应用佟凡1,王小磊1,李江域1,屈武斌2,赵东升1[摘要] 随着高通量测序、蛋白质组学等生物技术的迅猛发展,生物医学数据、生物信息学工具及分析应用需求均呈现出多样性和复杂性的特点。传统的生物信息计算环境如专用工作站、虚拟机等已无法较好地适应这一情况。Docker作为一种新兴的容器技术,具有轻量、开放和安全的优点,为分析和处理生物大数据提供了一种新的解决方案,得到生物信息学开发和应用人员越来越多的关注与使用。该文针对大数据时代下生物信息学工具开发、部署、应用的要求和特点,分析Docker技术在生物信息学中应用的优势,介绍了该技术在生物信息学中的具体应用案例,探讨其有待改进的方面以及未来发展趋势。[关键词] Docker;云计算;生物信息学;标准化;复用性[中图分类号] [文献标志码] A[文章编号] 1674-9960(2016)07-0614-04 DOI:.1674-,WANGXiao-lei1,LIJiang-yu1,QUWu-bin2,ZHAODong-sheng1倡(,AcademyofMilitaryMedicalSciences,Beijng100850,China;(BeiJing)BiotechCo.,Ltd.,Beijing102206,China)倡Correspondingauthor,Tel:[phone],E-mail:******@bmi.[Abstract] WiththerapiddevelopmentofbiotechnologysuchasNGSandproteomics,bioinformaticshasseenanexplo-plexityintermsofdata,,includingded-icatedworkstationsandvirtualmachines,-gy,Docker,whichischaracterizedbylightweight,opennessandsecurity,-ingthedemandsandfeaturesofdevelopment,deploymentandapplicationofbioinformaticstoolsintheageofbigdata,thispaperanalyzestheadvantagesofDockerinthisfield,introducessomeactualcasesanddiscussescurrentdeficienciesandfutureimprovement.[Keywords] Docker;puting;bioinformatics;standardization;reusability[基金项目] 军队后勤科技“十二五”重点资助项目(BS212J009)[作者简介] 佟凡,男,硕士研究生,研究方向:高性能和云计算在生物信息学领域的应用,E-mail:******@bmi.[作者单位] ,北京100850;(北京)有限公司,北京 102206[通讯作者] 赵东升,Tel:[phone],E-mail:******@bmi. 近年来,随着全基因组测序与全外显子测序[1]等高通量测序技术日益成熟,生物大数据的数量、种类和复杂程度均呈现指数增长趋势。空前规模大数据的出现使理论完善和实践创新成为可能,但数据管理与计算分析成为制约测序结果有效利用的瓶颈,阻碍了生物医学的进一步发展。信息技术在生物科学领域的运用能解决工具配置、流程控制与数据管理等问题[2],需要选择合适的信息技术手段以应对生物大数据带来的挑战。伴随生物信息学分析算法的进步和工具的繁荣,出现的问题是软件配置困难、维护不便以及标准缺失。安装专用操作系统(Bio-Lin