文档介绍：基因转录组的测定及分析胡松年******@(EST)测定及分析1、什么是EST?2、EST的应用3、EST序列测定及分析过程什么是ESTs?ESTs(ExpressedSequencetags)是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆,从5’末端或3’末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序,所获得的约60-500bp的一段cDNA序列。大规模EST序列测定的开始1983年:Costanzo等提出EST概念的雏形1991年:Adams测定了三种人脑组织共609条EST,宣布了cDNA大规模测序的时代的开始代1991年:Okubo等提出大规模cDNA测序的研究战略1993年:Venter等创立现在的EST技术1993年:Boguski&Schuler提出以EST为界标的人类基因组转录图谱计划●●93年前ESTs数据收录于GenBank,EBI和DDBJ。●1993年NCBI(NationalCenterofBiotechnologyInformation)建立了一个专门的EST数据库dbEST来保存和收集所有的EST数据。●95年中期GenBank中EST的数目超过了非EST的数目。●现在GenBank中EST的数目已经超过了三千五百万,约占GenBank中序列数的60%.anism ESTsHomosapiens(human) 8,301,471Musmusculus+domesticus(mouse)4,852,146Zeamays(maize) 2,018,798Bostaurus(cattle) 1,620,962Arabidopsisthaliana(thalecress) 1,559,485Daniorerio(zebrafish) 1,527,299Glycinemax(soybean) 1,481,930Xenopustropicalis(westernclawedfrog)1,422,983Oryzasativa(rice) 1,271,375Cionaintestinalis 1,249,110截止到2010年3月19日EST相关数据库储存EST原始数据的一级数据库◆EMBL◆GenBank(dbEST)◆DDBJ◆UniGene()◆TIGRGeneIndices()◆STACK()对EST进行聚类拼接的二级数据库EST的应用1ESTs与基因识别ESTs已经被广泛的应用于基因识别,因为ESTs的数目比GenBank中其它的核苷酸序列多,研究人员更容易在EST库中搜寻到新的基因(Boguskietal.,1994).●在同一物种中搜寻基因家族的新成员(paralogs)。●在不同物种间搜寻功能相同的基因(orthologs)。●已知基因的不同剪切模式的搜寻。【注:不过很难确定一个新的序列是由于交替剪切产生的或是由于cDNA文库中污染了基因组DNA序列(Wolfsbergetal.,1997)】EST的应用2ESTs与基因图谱的绘制EST可以借助于序列标签位点(sequence-taggedsites)-300bp左右的经PCR检测的基因组中唯一的一段序列。来自mRNA的3’非翻译区的ESTs更适合做为STSs,用于基因图谱的绘制。其优点主要包括:●由于没有内含子的存在,因此在cDNA及基因组模板中其PCR产物的大小相同;●与编码区具有很强的保守性不同,3’UTRs序列的保守性较差,因此很容易将单个基因与编码序列关系非常紧密的相似基因家族成员分开。(JamesSikela等,1991年)EST的应用3ESTs与基因预测由于EST来源于cDNA,因此每一条EST均代表了文库建立时所采样品特定发育时期和生理状态下的一个基因的部分序列。使用合适的比对参数,大于90%的已经注释的基因都能在EST库中检测到(Baileyetal.,1998)。ESTs可以做为其它基因预测算法的补充,因为它们对预测基因的交替剪切和3‘非翻译区很有效。