文档介绍：人授帕扫以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检国家有关部或机构送交名篓箨鏊若件和磁盘,允许论文被查阅和借阅。本删年丁月导师签名:张氟寄学位论文作者签名:皇辱盛学位论文作者签名:曼象茁独创性声明学位论文版权使用授权书签字日期:湘,/年逻奕膨铷哞签字日期:乡们辍辉峦包含其他人已经发表或撰写过的研究成果,也不包含为获偈或基他教育机构本学位论文作者完全了筋有养保留、使用学位论文的规定,有权保留并向的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研凭所做的任何贡本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。签字日期:索,可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。C艿难宦畚脑诮饷芎笫视帽臼谌ㄊ工作单位:通讯地址:电话:邮编:
舢緁『辧本文使用构造性神经网络算法一覆盖算法、核覆盖算法和基于特征选择的多法的改进算法一核覆盖算法,它集合了支持向量机和覆盖算法的优点,具有将实验结果和算法、斜冉希逑殖龈盟惴ǖ挠旁叫浴4送猓诓蛋白质是生物功能的主要体现者和执行者,正是它们之间的相互作用实现了生物体的功能。对蛋白质和蛋白质相互作用的研究,不但有助于蛋白质功能分析、生命活动机制的理解,而且对于疾病诊断和药物设计有重要的现实意义。然而传统的鉴定蛋白质相互作用的实验方法耗时耗力,再加上当前科学技术的限制、时间和空间的制约,往往使鉴定的结果包含了大量的“假阳性汀凹僖跣浴笔荩揖ǘ冉系汀R虼搜扒蟾咝У募扑惴椒ɡ醇蛋白质相互作用位点就显得非常必要。在众多计算方法中,机器学习方法已经在蛋白质相互作用预测中得到了广泛的应用,而且也取得了较好的效果。侧面递进算法对蛋白质相互作用位点进行了定位,取得了很好的效果。本文的主要工作分为下面几个部分:樯芰说鞍字氏嗷プ饔醚芯康谋尘啊⒁庖搴脱芯肯肿础8攀隽说鞍质的基本概念和预测蛋白质相互作用的实验方法和计算方法。饕=樯芰烁哺撬惴ḿ捌涓慕惴ǎ⒔⒃げ饽P投缘鞍字氏嗷作用位点进行预测。首先,概述了覆盖领域的几何意义,重点介绍了覆盖算鲁棒性强,准确率高等优点。然后,利用核覆盖算法建立预测模型,对蛋白质相互作用位点进行鉴定,得到预测结果。对实验结果进行分析和讨论,并基序列谱和序列信息熵两个蛋白质特征的基础上,引入残基可及表面积进行实验,验证了残基可及表面积对预测性能的贡献程度。嗖嗝娴萁惴ㄊ且恢址侄沃姆椒āJ紫劝创又鞯酱蔚牟煌度进行分析,得出其基本特征,然后再综合分析。这样,不但能选择有效的维度、降低对象的维数,从而降低计算复杂性,而且能多角度匹配复杂问题,大大提高了泛化能力。而对蛋白质相互作用位点进行预测正是一个高维度,计算复杂的问题,因此本文首次尝试将多侧面递进算法应用于蛋白质相互作
用位点预测研究中,利用该算法建立预测模型,对蛋白质相互作用位点进行预测。将实验结果和覆盖算法及其改进算法、算法和斜冉希峁验证了多侧面递进算法在蛋白质相互作用位点预测的可行性和有效性。关键词:;构造性神经网络;覆盖算法;多侧面递进算法;残基序列谱;序列信息熵;残基可及表面积摘要Ⅱ
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目录第一章绪论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯课题的背景和研究意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.蛋白质相互作用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.げ獾鞍字氏嗷プ饔玫氖笛榉椒ê图扑惴椒ā蛋白质链的选取⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯实验中采用的蛋白质特征⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.㈧⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.特征向量和分类器的构造⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.实验性能的评估参数⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.第三章核覆盖算法在蛋白质相互作用位点预测中的应用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯覆盖算法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.本章小结⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.第四章多侧面递进算法在蛋白质相互