文档介绍：—分子多态性Mismatchdistribution—错配分布Haplotypefrequencyestimation—单倍型频率估计Linkagedisequilibrium—连锁不平衡:检测不同位点上等位基因的非随机关联Hardy-Weinbergequilibrium—哈温—伯格平衡Tajima’sneutralitytest—Tajima中性检测Fu’sneutralitytest—Fu中性检测Ewens-wattersonneutralitytest—Ewens-watterson中性检测以上三个中性检测都是基于无限位点模型,适用于DNAsequence和RFLP单倍型。Chakraboety’samalgamationtest—Chakraboety’s融合检测,检测人群的均一性和同质性,和中性选择等。work(MSN,最小扩树或称之为最小支撑树,给予分子差异。AMOVA—分子差异度分析,icdistances—遗传距离的估计Exacttestofpopulationdifferentiation—检测随机交配群体单倍型的非随机分布Assignmenttestofgenotype—通过估计等位基因平率将单个基因型分被盗特定的人群中。*arq为扩增名方法:用Clustalx比对后保存一个PHY格式的文件,在DNAsp中打开该文件,点击Generate中的Haplotypedatefile,设置considered,其余的参数不变,(在importdate中可以进行文件格式的转换,Arlequin的数据转化为Arlequin、Genepop、Biosys、phylip、Mega、WinAmova):点击openproject,出现如下的界面:选择你要分析数据的文件,一般扩增名为*arp下面以例子中的文件加以说明:点击打开,Projecttitle所分析数据的名称Genotypicdate输入数据是单倍型还是双倍性Gameticphase:确定输入数据中配子片段是否已知Recessivedate:确定输入数据是否为阴性Datetype:输入数据的类型Missingdate:缺失数据用什么字符表示对上面的例子进行数据设置点击Setting出现如下的界面点击Generalsetting情况如下:点击Haplotypeinference(单倍型频率),出现如下界面选中右侧的设置情况,如果输入的数据的形式属于配子片段已知的单倍型数据或基因型数据,则操作界面如下继续设置,点击Moleculardiversityindices(在分子水平上计算遗传分歧度的几个参数)设置后,出现如下图的结果Standarddiversityindices:计算几种常见的分歧度参数,如等位基因的数目、分离位点的数目、:隔离位点的数目(s)、单倍型的数目(nh)、单倍型的多样性(workamonghaplotype:利用每个居群的单倍型数据计算最小支撑树和最小支撑扩网络图。Moleculardistance:选择遗传距离,包括配对差异距离和核苷酸差异数的百分比。Theata(Hom):通过估计观测到的纯质性H而得到一个参数Theata(s):通过估计观测到的隔离位点S的个数而得到的一个参数Theata(k):通过估计观测到的等位基因K的个数Theata(π)通过平均配对差异数而得到的一个参数。点击Arlequinconfiguration出现如下的结果点击Browse,选择要分析的数据,如下图点击打开如下图