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博士学位论文儿童呼吸道、中枢神经系统和腹泻病相关病毒感染的病原研究所院姓指导教师:导师小组:学科专业:研究方向:完成日期:首都儿科研究所郭英钱渊研究员段招军研究员儿科学病毒性疾病的病原学研究名201305学校代码:学号:10023:
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lIIIIIIIIIIIIIIII英文缩略词对照表⋯一~一~一一一一一英文摘要一一⋯一⋯⋯l实验材料与方法一~⋯一一一⋯⋯讨论⋯一⋯一7参考文献一~一一一实验材料与方法一~一~一一3讨论~⋯~一一一一参考文献一~中文摘要一一一一⋯一一一一一⋯一⋯一⋯一一英文摘要一一一一一一⋯一~一一一一一一⋯一~一实验材料与方法⋯实验结果一一一一一一讨论一一一J参考文献一一一录目第一部分儿童呼吸道标本与脑脊液标本的病毒宏基因组研究第二部分急性腹泻住院患儿人副肠孤病毒的检测与流行特征研究中文摘要第一章病原不明的急性呼吸道感染患儿和健康儿童呼吸道标本的病毒宏基因组研究实验结果第二章病原不明的急性中枢神经系统感染患儿脑脊液标本的病毒宏基因组研究41一一l
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综述一一⋯一⋯致谢⋯一一⋯一个人简介一一U96I附录一
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SHHVNPASIAviruscerebrospinalfluidhumanmetapneumovirusrespiratoryinfectioncentralherpesvirusgeninfocytomegalovirusafricanswinefeverparechoviruseenterovirusamplificationacutenervous
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中文摘要第一部分儿童呼吸道标本与脑脊液标本的病毒宏基因组研究博士研究生:郭英统方法不同,高通量测序技术可以无需预知病原体的基因组信息而无偏倚地检测临床标本中近乎所有的核酸背景,因而既可以用于病毒病原体的检测也有助于一的探索疾病相关病毒病原体和新的未知病毒病原体提供前期研究基础;同时探索建立一种有效的病毒检测方法。231份混合标本的方式进行预混,。健康儿童标本的检出序列则与分属于个病毒科的种病毒序列同源,涵盖了脊椎动物和非脊椎动物病毒、植物病毒、真核微生物病毒指导教师:钱渊段招军病毒是引起儿童急性呼吸道感染和中枢神经系统感染的最主要的病原体。尽管目前应用了多种检测技术,临床上多数上述感染病例依然病原体不明。与以往传些新的以往未知的病毒病原体的发现。本研究即旨在应用高通量测序技术对健康儿童和病原不明疑似急性病毒性呼吸道感染患儿的呼吸道标本,以及常见脑炎相关病毒筛查阴性的疑似急性病毒性中枢神经系统感染患儿的脑脊液标本进行分析,借助生物信息学方法了解上述各标本中病毒群体的组成以及差异,为后续进一步229()筛查均为阴性的疑似急性病毒性呼吸道感染患儿的鼻咽吸出物标本、份健康儿109lamDNaseRNase提取纯化核酸,进而借助于序列非依赖性的随机扩增技术对纯化的核酸进行随机Barcode4542642142个序列。在去除冗余序列、低质量序列和屏蔽重复序列后,经序列的非冗余病毒同源序列。急性呼吸道感染患儿标本的检出序列与来自于个病毒科的种不同的病毒显示出不同程度的同源性,其中涵盖了脊椎动物和非脊椎动物病毒、植物病毒和真核微生物病毒样序列。最常检出的病毒科包括AnelloviridaeParvoviridaeCoronaviridaeParamyxoviridaePolyomaviridae北京协和医学院中国医学科学院博士学位论文第一部分摘要
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和古细菌病毒。与急性呼吸道感染患儿不同,健康儿童标本的检出序列主要与来962920312的生物信息学分析后,共获得鹾暾鸅序列的非冗余病毒同源序列。关键词AnelloviridaePolyomaviridaeCaliciviridaeHerpesviridaeVirgaviridae等病毒科的病毒成员同源。在两组人群的检出序列中,部分检出序列与数据库中的病毒序列之间呈现出较低的值,表明在所检出的序列中可能含有一些来自于以往未知的病毒病原体的序列。。在经过同上述相同BLAST2554AnelloviridaeParvoviridae常检出的病毒科。这些检出的病毒样序列涵盖了脊椎动物和非脊椎动物病毒、植物病毒、真核微生物病毒和古细菌病毒同源序列。除检出了部分人和脊椎动物病毒样的序列,还同时检出多种虫媒病毒同源序列,如和等病毒的同源序列。与呼吸道标本的测序结果相同,部分序列与数据库中已知的病毒序列之间仅显示出较低的同源性。通过应用病毒宏基因组学研究方法,我们获得了儿童呼吸道标本和脑脊液标本中病毒群体的结构和组成情况,研究结果显示不同的临床标本以及不同的健康状态下病毒群体的组成存在一定的差异,本研究中所获得的序列信息同时也将为后续进一步研究和探索