文档介绍：基因功能富集分析GeneOntologyGeneOntology(GO)提供目前可获得的基因或基因产物的功能,是一个可计算知识的最全面的资源,主要包含两大方面:GeneOntology• 生物功能(terms)之间的逻辑结构和它们之间的关系,表现为有向无环图(directedacyclicgraph)。GO注释基因产物(aprotein,non-codingRNA,plex)对应的功能。•GO注释涉及140000篇发表文献的实验发现,600000实验支持的GO注释条目。这些作为核心知识,用于其他超过600万来自不同物种的功能注释的推断。GO联合会(GOConsortium,GOC,/)也提供软件用于编辑和执行GO本体的逻辑推理、提供访问GO本体和注释的网上接口、提供基于GO知识支持生物医学研究的分析工具。ponent细胞组分GO类别•分子功能:由基因产物所执行的分子水平上的活性• 单个大分子本身的活性或功能,通常通过与其他分子的物理相互作用来实现。• 主要包含两大功能:(1)生化活性,(2)作为一个大的系统或过程的组成部分•细胞组分:基因产物实现功能所在的细胞结构上的定位• 当基因产物执行其功能时,所处的相对细胞组分和结构上的位置。• 主要有两种:(1)相对于细胞结构(例如,质膜的细胞质侧)或隔室(例如线粒体),(2)稳定的大分子复合物的一部分(例如核糖体)。• 与GO的其他方面不同,细胞组分不涉及过程,而是细胞解剖学。•生物过程:由多个分子一起完成的生物程序、系统的过程。•生物过程通常以其结果或终止状态来描述,例如,细胞分裂的生物学过程导致从单个母细胞产生两个子细胞(分裂细胞)。•生物过程是由一组特定基因产物(或大分子复合物)所执行的,通常被高度调节,且在特定的时间点进行。MolecularFunctionWhatdoesitdo?BiologicalProcessWhatprocessisitinvolvedin?ponentWheredoesitact?早老素1蛋白在阿尔茨海默病中促进淀粉样前体蛋白的产生,导致淀粉样斑块的生成和神经纤维缠结的形成Beta-ransportTranscriptionfactorbidingKinaseactivityGamma-plexes把GO当作图•GO的结构可以用图的项(terms)来描述,每个GOterm代表一个节点,而terms之间的关系用节点间的边来表示。•GO的结构是垂直而松散的• 子(child)节点相对于父(parent)节点的功能更加专一。•父节点代表与图中根节点更近的节点,而子节点则更接近叶节点,因此,父节点所对应的描述更加宽泛,而子节点则更加专一,箭头代表关系的方向。点线表示推断的关系,而实线表示注释的关系。• 一个子节点可以有超过2个或以上的父节点。