文档介绍：基因注释与功能分类
郝大鹏
生物信息学
生物信息学中基因的功能研究
protein
RNA
DNA
基因注释与功能分类
郝大鹏
生物信息学
内容分类
功能可以从多个角度来认识
生物信息学为什么要关注它?
功能注释数据库(GO)
GO提供了很多工具
基因功能的统计分析
基因注释与功能分类
郝大鹏
生物信息学
1. Biochemical function
(molecular function)
RBP binds retinol,
could be a carrier
例子:
酶
结构蛋白
转运蛋白
细胞中不存在没有任何功能的蛋白。
基因注释与功能分类
郝大鹏
生物信息学
2. Functional assignment
based on homology
RBP
could be
a carrier
too
Other
carrier
proteins
增味剂结合蛋白是lipocalins的一个成员,也被认为是一个载体蛋白
基因注释与功能分类
郝大鹏
生物信息学
3. Function
based on structure
RBP forms a calyx
X射线晶体衍射显示RBP形成一个类似茶杯的结构,有一圈疏水氨基酸组成,充当一个配体结合位点
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生物信息学
4. Function based on
ligand binding specificity
RBP binds vitamin A
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生物信息学
5. Function based on
cellular process
DNA
RNA
RBP is abundant,
soluble, secreted
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郝大鹏
生物信息学
6. Function based
on biological process
RBP is essential for vision
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生物信息学
7. Function based on “proteomics”
or high throughput “functional genomics”
High throughput analyses show...
RBP levels elevated in renal failure
RBP levels decreased in liver disease