文档介绍：同济大学
硕士学位论文
蛋白质质谱数据处理方法的研究
姓名:舒晨
申请学位级别:硕士
专业:分析化学
指导教师:李通化
20090601
摘要后基因组时代的重要研究领域之一。在蛋白质组学的研究中,蛋白质鉴定是最分算法,并进行了一定的改进,采用庞镅陨杓撇⒖7⒘耸粲谖颐亲约旱牡鞍其进行了实效检验,并分析了改变二级质谱质荷比值和相对强度值、谱缺失等关键词:蛋白质组学,串联质谱,相对熵,蛋白质鉴定平台随着人类基因组测序的完成,生命科学进入了后基因组时代。蛋白质组学是为关键的环节。随着质谱技术的飞速发展,人们已经能在短时间内得到海量的质谱数据,如何从这些海量的数据中提取有用的信息,进行蛋白质的有效鉴定一直是蛋白质组学研究的一大难点。目前基于串联质谱和蛋白质序列数据库搜索的鉴定方法,凭借其快速准确的特点,已成为蛋白质鉴定的主要手段。本文在充分研究目前国际上蛋白质鉴定常用算法的基础上,采用相对熵的打质鉴定系统。该系统具有三个功能不同的模块,利用软件得到模拟裂解的理论质谱数据库,并提取相应的蛋白和多肽的信息,再读入特定格式的实验质谱数据文件进行适当的处理,将处理后的实验数据和理论数据通过相对熵算法进行匹配打分,给出最后的鉴定结果。为了验证蛋白质鉴定系统的打分效果,我们利用多组理论的串联质谱数据对因素对打分结果的影响。我们还利用蛋白质鉴定系统对曜嫉鞍资笛槭集进行了鉴定搜索,并与软件鉴定得到的结果进行了比较,发现我们的系统鉴定出了未能识别的跤幸庖宓钠ヅ涞鞍祝詈笪颐抢檬说白实验数据集进行测试,证明了我们的系统对于多蛋白的鉴定也有着比较好的效果。
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锚叫年月≯白日学位论文版权使用授权书本人完全了解同济大学关于收集、保存、使用学位论文的规定,同意如下各项内容:按照学校要求提交学位论文的印刷本和电子版本;学校有权保存学位论文的印刷本和电子版,并采用影印、缩印、扫描、数字化或其它手段保存论文;学校有权提供目录检索以及提供本学位论文全文或者部分的阅览服务;学校有权按有关规定向国家有关部门或者机构送交论文的复印件和电子版;在不以赢利为目的的前提下,学校可以适当复制论文的部分或全部内容用于学术活动。学位论文作者签名:经指导教师同意,本学位论文属于保密,在年解密后适用本授权书。指导教师签名:年月日
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第虑把生物信息学的概述目。进入分子水平以来,人们发现在生物化学、分子生物学、免疫学以及遗传学领域的研究中有大量的数据资料需要处理。于是,随着计算机技术、网络通讯的飞速发展,产生了一门新兴的学科一生物信息学。它首先利用电子计算机理和管理;其次,对各种数据进行对比、分析、归纳并建立计算模型,⒀У亩ㄒ生物信息学是从世纪年代末开始,随着基因组测序数据迅猛增加而究科学的算法,编制相应的软件对序列进行分析、比较与预测,从中发现规律。统计学、物理学和化学等学科相互渗透而形成的交叉学科,是应用计算机技术当今世界,科学技术的发展日新月异。其中,生命科学的进展尤为引人注技术,对在分子生物学等学科的研究中产生出来的大量原始数据进行收集、整好地解释数据,并进行结构、功能的预测以及仿真等等。它的出现极大地推动了分子生物学的发展,在人类基因组计划的研究中发挥了重要的作用。这门学科在生物学、医学领域有着十分广泛的应用。其中的一些大型生物学数据库包含了众多的生物学信息资源,人们可以很便捷地从国际互联网上寻找所需的资料和处理工具。这不仅方便了研究思想和资料的交流,减少了许多重复性的工作,而且也提供了一种崭新的思维方式和科研工作方法。近年来,互联网的高速发展为人们共享数据资源、合作研究提供了网络这一物质基础。越来越多的生物学、医学、药学工作者开始认识到生物信息学的重要性和实用性⋯【。逐渐兴起的一门新兴学科,是利用计算机对生命科学研究中的生物信息进行存储、检索和分析的科学。其研究主要是利用计算机存储核酸和蛋白质序列,研生物信息学作为一门新兴的学科,其广泛的定义泛指任何与运用计算机及其网络和数据库进行大规模生物学数据的收集、组织管理和分析相关的领域,而较为狭义的定义指用计算机的手段和方法来对生物领域的信息和数据进行管理和分析【俊O执镄畔⒀窍执蒲в胄畔⒖蒲А⒓扑慊蒲А⑹А第虑罢
遍性、真实性的生物遗传本质,掌握复杂生命现象——生命起源、生物进化以和信息论方法研究