文档介绍：夏直拣韭厦茇生縧答辩委员会主席:芒态答辩委员会成员:论文答辩日期:
附录⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.致谢⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.中文摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯~缩略词表⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..分析与讨论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..目录英文摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯参考文献⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..参考文献⋯⋯⋯.⋯⋯⋯..材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯独咤灾忻鳌
高通量测序挖掘志贺氏菌新型耐药基因的研究中文摘要温州医学院硕士学位论文荚诮ǜ咄坎庑蚝蜕镄畔⒀Х治鲇谢岷稀⒂行诰株志贺氏菌耐药基因类型以及其分布情况,通过对志贺氏菌耐药基因周围可移动元件的分析,揭示耐药基因的水平转移规律。τ没谕幢榷缘男滦湍鸵┗蚋咄渴萃诰蚍椒ǎ笈克竦志贺氏菌潜在耐药基因,为新型耐药基因的实验验证提供方向,为提高我国耐药性相关的基础研究,以及细菌性痢疾的药物研发提供依据。究翁庖岳丛从月~年挛轮莸厍煌皆焊剐夯颊叻便标本中的曛竞厥暇鲅荆渲懈J现竞鼐辏问现竞鼐辏采用碱裂解法提取志贺氏菌的基因组和质粒谥锌圃罕本┗蜃檠芯克进行咄坎庑颍庑蚴菥嘤ι镄畔⒀Чぞ叻治觯得至J虾褪现竞厥暇局心鸵┗蛑掷唷⒎岫取位点、以及新的亚型。疚奶岢隽嘶谕幢榷缘男滦湍鸵┗蚋咄坎庑蚴萃诰蚍椒ǎ方法基于榷裕樽巴瓯系幕旌匣蜃橥鸵┎慰夹蛄械牡鞍资菘饨行比对,捕获局部相似性太于%且小于%的片段,并按符合条件的片段进行两端自动延伸,继而使潜在的耐药基因区域最大化,获得潜在的耐药区域。运竦玫那痹谀鸵┗蛐蛄薪蠳珻,等蛋白质结构和功能数据库注释,从整体上来分析其功能特征,获得与己知耐药基因遗传变异较大,相似性较低的新型耐药基因。结果J现竞鼐揪咄坎庑虿鷕,条,长度对耐药基因数据库后发现,比上的淘颊甲躵数的%。宋氏意贺菌样本中经高通量测序产生,条,长度榷缘侥鸵┗蚴库后,比上的数约占总膌谥竞孛缌礁鲅局校颐亲芄卜⑾挚股乜剐岳嘈停庞耐药基因型,其中包括甲氧苄氨嘧啶类,多重耐药,四环素类,磺胺类,大环内酯类,氯霉索类,内酰胺酶类,氨基糖苷类,枯草霉素,春雷霉素,博来霉素,多粘菌素,其中种耐药基因型只在福氏菌中出现。目的方法%。
在福氏菌的测序丰度低,只有,,表明娩基因在整个志贺氏菌混合基因组俅危疚奶岢龅幕谕幢榷缘男滦湍鸵┗虻母弑芰空⌒蚴萃诰温州医学院硕士学位论文J虾退问现竞孛缰械哪鸵┗蛐投嗵晕坏惴直鹞龊觥8氏志贺菌中有种基因型发现坏悖渲蟹⑸峭逋槐涞挠只蛐停共计个位点,占总坏愕ィ杭硎现竞鼐只蛐头⑾⑾至烁疽阅∫颍馐悄壳笆澜上对扫碳青霉烯类耐药基因在志贺氏苗中的首次报道,我们对其周围的转座元件进行分析后发现在该基因两侧存在转座子和插入序列,该基因很可能是由其他菌种的质粒发生水平转移而转入志翅氏菌的。毓兄档米⒁獾氖牵颐窃诟J现竞鼐局蟹⑾謍基因,该基因属于抗癌药物博来霉素的抗性基因,在志贺菌属中也属首次发现。经分析得知该基因中含量比较少,束发生广泛的扩散。詈螅擞没谕幢榷缘男滦湍鸵┗蛲诰蚍椒ǘ愿J虾图硎现竞鼐进行挖掘,莸们总共获得銮痹诘男滦湍鸵┗颉K婧螅娑运墙蛋白功能数据库注释,笈现它们的分子功能绝大多数与转运%辅助转运,结合%=鹗舭槁.,转录调控有关。结论紫龋颐谴臃椒ㄑ现っ髁嗽擞酶咄炕焯ɑ蜃椴庑蚣际跬诰蚨嘀耐药病原苗耐药基因分布及其多态性的可行性。尽管新一代铡序技术数据读长比较短,,检出病原菌棍合基因组中所有存在的坏恪浯危幽鸵┬曰蛐偷募斐鲇牍钩汕榭鲇暄裕竞厥暇卸嘀啬鸵├和つ邗0访咐嗨急戎亟洗螅颊家鸭斐龅娜ú炕镄偷ィ徊⑶以谥竞氏菌中又新发现了缁蚝腿缇驶颉方法,可虬有效地获得与参考耐药基因序列相似性较低的基因,为新型耐药基因的发现提供了思路。珊螅乱淮咄坎庑蚣际踅岷仙镄畔⒀Х治鲇τ糜诓≡滦湍药基因的挖掘是一种极为有效的方法,为后续的新耐药基因实验验证提供依据。关键词:多重耐药志贺氏菌,高通量混合基因组测序,抗性基因ァ
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