文档介绍：质谱测试分析
博苑蛋白质组技术服务中心

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蛋白质质谱鉴定流程
样品
酶解
酶解片断
一级质谱
PMF
肽指纹图谱
串联质谱
对库
检索
序列数据库
成功鉴定
PSMs及后筛选
De-novo 序列分析
未知蛋白
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肽指纹图谱（PMF）鉴定
PMF（Peptide Mass Fingerprinting）是根据一级质谱（MS）所测酶解片段的精确分子质量鉴定蛋白质的一种方法。
一般采用MALDI-TOF仪器进行。因为MALDI质谱图中的离子一般只带一个电荷，比较容易计算。
其原理就是利用了蛋白序列数据库中的多肽质量的信息与实际测得的质量信息进行对比而实现鉴定。
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优点与缺点
优点：
是用一级质谱鉴定蛋白质的经典方法，算法简单，速度快
缺点：
质量相近的多肽增加匹配难度
无法实现混合蛋白的鉴定
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二级质谱鉴定
质谱仪选择一级质谱中的一个峰，让这些峰所代表的离子高速撞击质谱仪中的惰性气体，使其肽键断裂，并对库搜索鉴定蛋白质。
常用MALDI-TOF／TOF仪器进行。
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优点与缺点
优点：
鉴定准确度更高，可以得到蛋白的序列
可以实现多个蛋白的鉴定
缺点：
增加了一步操作
算法更复杂，而且需要更多的操作经验
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串联质谱结果报告
从一级质谱图里选出部分峰做二级质谱
一级质谱图
二级质谱图
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蛋白点编号
蛋白名称
蛋白GI号
串联质谱匹配的序列
理论等电点
理论分子量
串联质谱离子得分
可信度
串联质谱结果报告
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蛋白的选择
一般protein score大于60分的结果或者单个肽段得分超过30的结果就比较可信。
对于一次鉴定得到多个蛋白得分均超过60分的以得分最高的最为可信。
也可用根据protein score .%来判断，该参数是一个可信度的评价，一般以超过95%作为鉴定结果可靠的标准。
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蛋白信息查询
一般根据蛋白名称可以了解该蛋白的大致功能
使用该蛋白的GI号码可以到NCBI数据库进一步查的该蛋白的信息
对于未知蛋白，可以采用BLAST或者其它功能预测软件预测该蛋白的功能。
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