文档介绍：XPLOR安装
-nih-VERSION-IRIX64、 xplor-nih-VERSION-Linux、 xplor-nih-VERSION-db。
下载地址:
需要代理, 要先注册才能够下载。
, 如/opt,命令以下。 注意VERSION要换成实际安装版本号
cd /opt 进入到/opt目录下
tar -xzvf xplor-nih-VERSION- 解压缩
tar –xzvf xplor-nih-VERSION- 解压缩
tar -xzvf xplor-nih-VERSION- 解压缩
cd xplor-nih-VERSION 进入安装目录
./configure 配置xplor
ln -s /opt/xplor-nih-VERSION/bin/xplor /usr/local/bin/xplor 建立快捷方法
4使用以下命令进行检测是否安装成功
bin/testDist
Xplor使用
基础操作
: 在命令行中输入“xplor ”就会开启xplor运行文件“”中指令。 输出信息默认显示于屏幕, 能够使用“xplor > ”将输出信息存于目前目录下“”文件中。
: 通常在文件开头使用remarks, 文件中用! 表示注释。 Remarks关键是文件本身说明如文件建立者, 存放位置等:
remarks file generate/
remarks Author: Axel T. Brunger
! 则是通常性注释, 其后内容也不会运行。
｛｝括号内内容也不会被运行。
:
***@filename 或 @***@filename。 不过在循环语句如for循环中必需用@***@filename。
如调用蛋白质结构文件时使用:
structure ***@ end（）
其中structure ***@filename end 是调用结构文件语句, 类似还有:
parameter ***@TOPPAR: end 调用氨基酸参数库
coor ***@ 调用模型
注意: 调用pdb文件时没有”end”,因为pdb文件结尾已含有”END”。
Write 要输出参数 output=文件名 end
例:
write coordinates output= end
write structure output= end
命令: Evaluate （$parname=parvalue）
能够在程序中使用变量如:
Evaluate （$parname=3）
则变量“parname”被付值为3。 以后能够使用“$parname”来调用它, 如:
Evaluate （$a=$parname+3）,命令实施后$a=6;
命令:
Set 环境变量=环境参量值end
其中xplor关键环境变量有:
Display:输出信息显示位置, 默认显示在屏幕上, 等号后是要将输出信息保留到文件名。
MESSage=OFF|NORMal|ALL 表示是否显示信息。 OFF只显示关键输出信息, NORMal显示大部分信息,ALL显示全部信息.
ECHO=ON|OFF
例:
Set Display= End