文档介绍：Outline
Summary of key points about pairwise alignment
Introduction to BLAST: practical guide to database searching
The BLAST algorithm
BLAST search strategies
Pairwise alignment: key points
Pairwise alignments allow us to describe the percent identity
two sequences share, as well as the percent similarity
The score of a pairwise alignment includes positive values
for exact matches, and other scores for mismatches
and gaps
PAM and BLOSUM matrices provide a set of rules for
assigning scores. PAM10 and BLOSUM80 are examples of
matrices appropriate for the comparison of closely related
sequences. PAM250 and BLOSUM30 are examples of
matrices used to score distantly related proteins.
Global and local alignments can be made.
BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
allows rapid sequence comparison of a query
sequence against a database.
The BLAST algorithm is fast, accurate,
and web-accessible.
Why use BLAST?
BLAST 是NCBI中用来将一个蛋白质或DNA序列和各种数据库中的其他序列进行比对的主要工具。 BLAST搜索是研究一个蛋白质和基因的最基本的方法之一。
Why use BLAST?
BLAST 具有非常广泛的应用：
确定特定的蛋白质或核酸序列有哪些已知的直系同源或旁系同源序列。除了RBP外，还有哪些其他的脂质运载蛋白是我们所知道的？当一个新的细菌的基因组被测序后，几千种蛋白质被确定，其中有多少蛋白质是同源的？从这里面测出的基因中有多少是在GenBank中找不到显著性同源物的？
确定哪些蛋白质和基因在特定的物种中出现。植物中是否也存在像RBP这样的脂质运载蛋白？鱼类中是否有反转录酶基因(HIV-1 pol 基因)？
Why use BLAST?
BLAST 具有非常广泛的应用：
确定一个DNA或蛋白质序列身份。如可能通过一个负杂交实验或芯片实验发现一个特殊的DNA序列中你所使用的实验条件下是被显著调控的，那么就可以通过将这个DNA序列在一个蛋白质数据库中进行搜索，来寻找哪些蛋白质是与你的DNA序列所编码的蛋白质相关性最高的。
发现新基因。如一个对于全基因组DNA的BLAST搜索可能会发现一个DNA所编码的蛋白质是以前所没有报道过的
确定一个特定基因或蛋白质有哪些已经发现了的变种。例如，很多病毒都具有极强的突变能力；HIV-1pol有哪些已知的变异体？
Why use BLAST?
BLAST 具有非常广泛的应用：
研究可能存在多种剪切方式的表达序列标签。有专门用于BLAST搜索的EST数据库。实际上有许多用来进行搜索专门的数据库，如专门的包含同一个特定的物种、一种组织、一个染色体、一种DNA或一个蛋白质功能类的序列数据库。
寻找对于一个蛋白质的功能和/或结构起关键作用的氨基酸残基。一次BLAST搜索的结果可以放在一起比对，这时候，就会发现其中像半胱氨酸残基这样可能具有重要生物学功能的保守残基。
Four components to a BLAST search
(1) Choose the sequence (query)
(2) Select the BLAST program
(3) Choose the database to search
(4) Choose optional parameters
Then click “BLAS