文档介绍：序列比对
Sequence Alignment
杨秋红
中国农业科学院硕19
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简单介绍
全局比对中的动态规划
局部比对中的动态规划
常用打分矩阵
空位罚分
Blast算法
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简单介绍
全局比对中的动态规划
局部比对中的动态规划
常用打分矩阵
空位罚分
Blast算法
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介绍
序列比较的根本任务是：
发现序列之间的相似性
辨别序列之间的差异
目的：
相似序列 相似的结构，相似的功能
判别序列之间的同源性
推测序列之间的进化关系
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例一: s: SSENTIALSOFSEQUENCEANALYSIS t: SSENTIALSOFSEQUENCEANALYSIS
点阵图
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例二 s: ESSENTIALSOFSEQUENCEANALYSIS t: ESSENTIAL———————--ANALYSIS
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全局比对中的动态规划
局部比对中的动态规划
常用打分矩阵
空位罚分
Blast算法
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双序列比对
全局比对
L G P S S K Q T G K G S - S R I W D N
| | | | | | |
L N - I T K S A G K G A I M R L G D A
局部比对
– – – – – – – T G K G – – – – – – – –
| | |
– – – – – – – A G K G – – – – – – – –
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以碱基序列为例
s: AGCACAC–A AG– CACACA
t: A– CACACTA or ACACACT– A
cost : 2 cost : 4
显然左边的比对效果好一点，它的代价小，出现这种变化的可能性大
如何衡量：Weight（Score）
match: w(a,a)=1
mismatch: w(a,b)= -2 for a≠b
gap : w(a,-)=w (-, b) = -5
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分阶段
求子最优解
动态规划
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13
12
8
6
3
4
2
17
10