文档介绍：中国农业大学
博士学位论文
福氏5b痢疾杆菌的基因组以及比较基因组研究
姓名:聂桓
申请学位级别:博士
专业:生物化学与分子生物学
指导教师:金奇
20060701
摘要∞贺菌基闻组的完成揭示了该菌属的遗传特征的多样性。为了进一步研究志贺菌属中同一血清群不偏爱性。同时在当中发现了针对大肠杆菌和志贺菌特异的个。痢疾是威胁我国人民健康的重要传染病。志贺菌属福氏造成的痢疾普遍存在于发展中和发达国家。国际上针对志贺菌福氏开展的研究工作较多,历史也较悠久,并且大多是以福氏和福氏魑Q芯慷韵蟆O衷诠噬弦丫瓿闪株志贺菌属基因组,分属于不同的血清群。这些志同血清型之间的异同,我们采用“鸟枪法”测序,在国际上首次完成了志贺菌福氏菌株称ɑ蜃樾蛄胁⒔辛俗⑹停阉胫竞鼐J进行了同一血清群不同血清型的比较基因组学的研究。的全基因组是一条环形染色体。染色体基因组全长,,共包含个,整个基因组课ィ颂翘錜/组成为,与及嗤嗦鰐灿植煌嘈偷膖ò被岜嗦胱佑忻飨缘∞通过与谋冉希⑾至秸叽笤加サ幕蜃樾蛄惺枪蚕淼模庑┕蚕淼男蛄兴得魉们之问非常保守的进化关系。同时在基因组的结构上两者大致呈现出线性结构,但是这种线性结构被Ψ:处迁移所打断。进一步的研究发现这些基因组的重排都是由于序列引起的。毒力岛作为志贺菌中最重要的部分,在该菌的生理、致病性等方面有着重要的作用。通过比较基因组学的研究,发现在和旧迳系闹饕6玖Φ旱敝写嬖谧沤洗蟮牟钜臁在毒力岛校⑾諷蚐的组成成分明显不同。目前己知前噬菌体与甇的形成有直接的关系。在的刑匾斓拇嬖谝欢卧嘉笥业腷断。。这种现象的出现可能提示着和的动力学特征有较大的差异。在进化上也可能揭示出钠鹪词奔湟B酝碛谥胒在毒力岛方面,中由于未知的机制导致了的缺失,,约皊中的下游。推断该片断可能是的残存序列。因此对于&此担琒一赡苋肥嫡辖牖蜃榈敝校窃诼さ慕过程当中,由于发生了基因组重排和同源重组等进化事件,最终导致了的丢失。同时对于在敝形榷⊿一幕平窍乱徊窖芯康闹氐恪在毒力岛方面,通过对蚐蠸的整体观察,发现它们的结构、插入位点,组成序列等都很相似,这意味着是在&的祖先分化成不同的血清型之前已经整合进了。在中,位于一个包含着复制起始点的翻转内,正是由于这个翻转的存在,导致了合成和转运铁炭合蛋白的基因簇痠到达复制起始点的距离发生了变化。而这个距离的改变可能会影响该基因簇的表达。在已知毒力基因方面,的毒力基因明显少于绷秸叩腎蛟诮峁购位置上也存在着差异。结合上面说到的毒力岛的差异,这些可能是蚐湓诙玖利致病性以及流行特征上产生差异的主要原因。在代谢途径上与啾龋⑾衷赟刑匾斓谋4孀盘鸩思詈铣赏揪端匦璧幕源。
的代谢途径的失效是由于不同基冈的变化导致相同的结果。这杂谇魍谙嗨。甜菜碱不仅是人肠杆菌重要的调渗物质,并且与致病性也有~定的关系。冈此对丁:志贺菌来说,甜菜碱的作用还要开展更进一步的研究。同时发现和校恍┲饕选择压的作用下,有可能产生功能相同或相似的形态结构,以适应相同的条件。因此志贺菌有一种共同的趋势,那就是在进化过程当中都在丧失一些相似的代谢途径和功能。目前学术界认为痢疾杆菌和大肠杆菌亲缘关系较近,痢疾杆菌很可能是由大肠杆菌演化而来。通过对基因组与其它志贺菌及大肠杆菌聚类分析以及选取龌蚪薪治觯颐发现在进化与分类上与墓叵底罱被箍梢苑⑾种竞鼐蟪Ω司进化关系非常接近。通过对中的个的分析,发现和餐个完整的,这些可以看作是志贺福氏的“骨架基因”。这些“共有骨架”结构是换旧婺芰凸灿猩镅宰吹幕。币卜从乘瞧鹪春徒奂#=徊窖究惶峁┝嘶关键词:痢疾杆菌,志贺福氏型,基因组,比较基因组学
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今丁疆趁荔趁时间:娜年拢时间:洲年日独创性声明关于论文使用授权的说明时间:妒辏月/日本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果,也不包含为获得中国农业大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明送交论文的复印件和磁盘,允许论文被查阅和借阅,可以采用影印、缩印或扫描等复C艿难宦畚脑诮饷芎笥ψ袷卮诵研究生签名:确的说明并表示了谢意。本人完全了解中国农业大学有关保留、使用学位论文的规定,即:学校有权保留制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。导师签名
第一章论文综述:微生物基因组