文档介绍：转录组测序
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RNA-Seq 的技术背景
RNA-Seq又称转录组高通量测序(transcriptome sequencing)或称为全转录组鸟枪法测序(Whole Transcriptom Shotgun Sequencing WTSS)
2005年以来, 以Roche 公司的454 技术、Illumina 公司的Solexa 技术和ABI 公司的SOLiD 技术为标志的新一代测序技术诞生, 之后HelicosBiosciences 公司又推出单分子测序(Single molecule sequencing, SMS)技术。新一代测序又称作深度测序或高通量测序。
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转录组是特定组织或细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。
转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者，蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述，转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。
转录组？
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转录本
All transcripts
All mRNAs
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Total RNA样品检测
OD260/280:~；
RNA 28S:18S ≥ ; RIN≥7 ；
样品总量不低于15ug；
样品浓度：total RNA浓度不低于400ng/ul。
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样品RNA准备
2. 测序文库构建
􀂾 使用oligo dT微珠纯化mRNA
􀂾 mRN***段化处理
􀂾 反转录反应合成合成双链cDNA
􀂾 双链DNA末端修复及3’末端加‘A’
􀂾 使用特定的测序接头连接DN***段两端
􀂾 高保真聚合酶扩增构建成功的测序文库
3. DNA成簇（Cluster）扩增
4. 高通量测序（Illumina Genome Analyzer IIx）
5. 数据分析
􀂾 原始数据读取
􀂾 与数据库比对并进行注释
􀂾 深层次数据分析
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实验流程
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标准信息分析流程
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生物信息分析
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基本信息分析
数据量产出：>2Gb per sample
测序策略：HiSeq2000, PE91 or 101
插入片段大小：200 bps
测序质量控制：Q20% >80
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