文档介绍：基因表达谱测序
背景介绍
基因表达谱分析利用HiSeq2000高通量测序平台对mRNA进行测序，获得10M读长为49nt的原始reads，每一个reads可以对应到相应的转录本，从而研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比，基因表达谱分基因表达谱测序
背景介绍
基因表达谱分析利用HiSeq2000高通量测序平台对mRNA进行测序，获得10M读长为49nt的原始reads，每一个reads可以对应到相应的转录本，从而研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比，基因表达谱分析要求的读长更短，测序通量更小，仅可用于基因表达差异的研究。该方法具有定量准、可重复性高、检测阈值宽、成本低等特点，能很好的替代以往的数字化表达谱分析。
技术路线
总RNA提取
提取并纯化mRNA
mRN***段化
反转录成cDNA
构建IlluminaSE文库
上机测序
生物信息学分析
生物信息学分析
V
原始数据处理
原始测序数据
1
i
有效数据统计
去除接头和质量剪切
占.
F
表达谱mappii
L
ng至参考图谱
■1
标准生物信息分析
分析表达差异-
■■
高级生物信息分析
GO和KEGG富集分析
差异基因表达模式聚类
送样要求
样品要求
所需TotalRNA的量均不少于20“g文库，TotalRNA可以保存在DEPC处理过的水中、75%的乙醇、异丙醇中，具体以什么方式保存请注明。
如提供实验材料为动物组织材料，样品质量需大于2g；
如提供实验材料为植物样品，样品质量需大于4g；
如提供实验材料为培养细胞，请提供1x107培养好的细胞；
如提供实验材料为血液样品，请提供＞2ml的样品。
我们强烈建议在送样的同时客户做好备份，以备后续实验之用。
样品纯度要求
-，RNA无降解、28S和18S核糖体RNA条带非常亮且清晰（其
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大小决定于用于抽提RNA的物种类型），28S的密度大约是18S的2倍；Agilent2100检测仪分析RNA完整性数据RIN>80
无蛋白质、基因组DNA污染，如有污染请去蛋白并进行DNaseI处理。
请提供至少一种样品的凝胶电泳或者Agilent2100检测仪检测图片，并注明其浓度、体积、od260/od280、溶剂名称、制备时间、物种来源以及特别备注。最终以我方定量、质检为准。
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样品采集
为了保证提取RNA的完整性，确保后续实验的顺利进行，请务必确保样品的新鲜，对于如何确保样品的新鲜针对不同的样品获取材料的方法如下：
动物组织：从活体上迅速的取下组织（切成黄豆粒大小的块状），每切成一个黄豆粒大小的块状立即放入液氮中，重复上述操作，直至足够提取总RNA的量；准备一个50ml的离心管，做相应的标记（样品名称、编号、客户姓名、时间），最好既在管盖上做好标记，也在管壁上做好