GSEA 在全基因组表达谱芯片数据分析中的应用.doc

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GSEA在全基因组表达谱芯片数据分析中的应用
·2553·
·专论与综述·
GSEA在全基因组表达谱芯片数据分析中的应用*
冯春琼1邹亚光2周其赵3李铁求3梁
爽1毛向明3△
2南方医科大学南方医院口腔科,3南方医院泌尿外科,(1南方医科大学基因工程研究所,广州广东510515)
GSEA是一个可下载后免费使用的全基因组表达谱芯片数据分析工具。它根据已有的对基因的定位、摘要:性质、功能、生物学意义等知识的基础上,首先构建了一个分子标签数据库,数据库中包含了多个功能基因集。通过分析一组处于两个生物学状态的基因表达谱杂交数据,它们在特定的功能基因集中的表达状况,以及这种表达状况是否存在某种统计学显著性。GSEA是从另一个角度来诠释生物信息,可进一步完善我们对相关生物学事件的认识。GSEA;关键词:基因表达谱;数据分析Q75,Q78中图分类号:
B文章编号:1673-627313-2553-05文献标识码:(2009)
TheApplicationofGSEAinDataAnalysisofGenomeMicroarray*
FENGChun-qiong1,ZOUYa-guang2,ZHOUQi-zhao3,LITie-qiu3,LIANGShuang1,MAOXiang-ming3△
(icEngineering;2Departmentofstomatology;
3DepartmentofUrology,NanfangHospital;SouthernMedicalUniversity,Guangzhou510515,China)
ABSTRACT:,characteristics,functions,biologicalmeaningsofgenes,,suchasexperimentalandcontrolgroups,wereanalyzedbyGSEA,sotheenrich-mentsituationsofthegenesinsomechosengenesetscouldbelearned,-plainedthebiologyinformationinadifferentway,andcouldimprovetheunderstandingofrelatedbiologyprocessesanddrivefurtherre-searchinsomeareas.
KeyWords:GSEA;geneprofiles;dataanalysis
ChineseLibraryClassification:Q75,Q78Documentcode:BArticleID:1673-627313-2553-05(2009)
1GSEA概述
GSEA基因集富集分析(GeneSetEnrichmentAnalysis,)是麻省理工学院和哈佛大学的broadinstitute研究团队开发的一个针对全基因组表达谱芯片数据进行分析的工具,免费注册后即可进行下载和更新。GSEA提供两个版本GSEA2--P-R[1].,分别采用JavaJar语言和R语言编写。GSEA工具具有如下特点:
这是GSEA与其它芯片数据分析软件最大的不同,也是GSEA最显著的特点。具体而言,即是在综合了现有的对基因GSEA构建的定位、性质、功能、生物学意义等信息的基础上,了一个分子标签数据库(MolecularSignaturesDatabase,MSigDB),在此数据库中首先将已知基因按照C1:染色体位置C2:C3:C4:(position)、已建立的基因集(curate),模序(motif)、putationalgenesets)和C5:(geneontologygenesets)进行分组归类,每个组下再进行细分,从而设置了多个功能基因子集。在对