文档介绍：蛋白C与蛋白S临床意义
protein C， PC
一种维生素K依赖性酶原，其主要作用是活化后可灭活凝血因子Ⅷα与凝血因子Ⅴα，抑制血液凝固
protein S , PS
也是一种维生素K依赖性酶原。可协同活化蛋白蛋白C与蛋白S临床意义
protein C， PC
一种维生素K依赖性酶原，其主要作用是活化后可灭活凝血因子Ⅷα与凝血因子Ⅴα，抑制血液凝固
protein S , PS
也是一种维生素K依赖性酶原。可协同活化蛋白C（APC）,消除凝血因子Xα对凝血因子Vα、凝血因子Ⅸα对凝血因子Ⅷα的保护作用，使之被水解。
蛋白C抗原含量
参考值（）%
蛋白C活性
参考值（±）%
总蛋白S抗原含量
参考值（±）%
游离蛋白S抗原含量
参考值（±）%
临床意义
蛋白C抗原活性
减低：先天性或后天或得性蛋白C缺陷
先天性缺陷者常常有反复血栓形成史
后天获得性者见于DIC,AIDS,手术后和口服双重抗凝药等
蛋白S含量
减低：先天性蛋白S缺陷，常伴严重的深静脉血栓。
后天性：肝病，口服双重抗凝药物
谢谢！
蛋白同源建模及分子对接——以CueO蛋白为例
基本策略
建立模型：Swiss-model、 Modeller
模型检测：Save
模型优化：Chiron
再次检测：Save
分子对接：Autodock
序列与模板相似度，>30%模板可用
GMQE（Global Model Quality Estimation）是一种基于目标模板对准结合性质的质量估计，数值在0-1之间，越接近于1表示模型越接近实验结果。
Swiss-model同源建模
QMEAN(Qualitative Model Energy Analysis)
QMEAN对模型的质量估计是基于蛋白模型的局部和全局计分，包括四个结构描述符：
All atom：成对原子距离依赖性电位
C-β： C-β相互作用势能
Solvation：残基包埋情况
Torsion：扭转角分布
蛋白模型局部(每个氨基酸)Z-score
Z-score在pdb数据库中所有蛋白中的分布
Modeller软件
Modeller是一种用Python语言编写的，可用于本地建立分子模型的软件。然而，很多人并不熟悉Python语言，因此有人编写了一个Moldoller的GUI界面的软件——Easymodeller， Easymodeller科用于简单的单模板建模。 Easymodeller 最新版本为。
与在线建模软件相比， Modeller还可进行模型的修饰、多模版建模等操作。
Easymodeller建模——确定模板
NCBI blast，blastp选择pdb数据库，identity>30%模板可用。也可用Swiss-model来寻找合适模板。
Easymodeller界面
粘贴序列
添加模板，3-10个
建立模型
以为模板，建立了CueO的蛋白模型，左图为不含有铜辅基的模型，右图为含有4个铜辅基的模型。
铜离子
蛋白模型的检测与评价——以Swiss-model构建的CueO模型为例
Swiss-model构建的CueO的蛋白模型
SAVE网站评估蛋白模型
Procheck
红色：
核心区域
黄色：
允许区
浅黄色：
大致允许区
空白：
禁阻区
ERRAT
verify3d
Prove
结果总结
一·根据SAVES的检测结果，需要局部优化的部位如下：
Procheck：位于 gener区域的残基。
ERRAT：错误建模区域（置信度高于99%），残基集中于140~160，300~320,400~420之间。
Verify3d：得分的残基，残基集中于300~384之间。

预测的酶活性部位位于309~384之间，恰好也是出错集中的区域。可能是因为预测模型中Cu离子的缺失，导致对活性周围的残基电子云分布，肽键角度，二级结构等造成了影响。
蛋白模型的优化
Chiron网站界面
Chiron优化前后分子能量对比
Save检测优化后的模型
项目
优化前
优化后
评价标准
Procheck
Ramachandran plot
% core
% allow
% gener
% disall
% core
%allow
% gener
% disall
Core+ allow>90%
ERRAT
Overall qu