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注:在本文中的叙述中;所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来;如以基因治疗为主题词检索;在检索框中的输入内容表示为<"GeneTherapy"MESH>..
PubMed简介
PubMed是由隶属于美国国家卫生部NIH;NationalInstituesofHealth的国家医学图书馆NLM;NationaLibraryofMedicine下属的国家生物技术信息中心NCBI;NationalCenterforBiotechnologyInformation提供;可通过NCBI网站的Entrez检索系统Entrezretrievalsystem进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索..此外;PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务;与提供期刊全文的出版商网址的链接;来自第三方的生物学数据;序列中心的数据;提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务;这个数据库归NCBI所有;其内容包括:DNA与蛋白质序列;基因图数据、3D蛋白构象;人类孟德尔遗传在线..Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统;可检索NCBI网站的主要数据库;如PubMed;核酸与蛋白序列;基因组序列;蛋白结构;OMIM等等..PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库;此外;它还针对网上资源;提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源;如核酸蛋白序列、OMIM入口等;以及其它生命科学数据库..其文献内容的提供方式;由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI..如果该出版商有网站;则NCBI会提供相应的网络出口..MEDLINE及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新..
PubMed服务内容概括
基于互联网的MEDLINE及PreMEDLINE引文数据库免费检索系统..
提供MEDLINE、PreMEDLINE与其他相关数据库接入服务;如NCBI的其它数据库DNA与蛋白质序列;基因图数据、3D蛋白构象;人类孟德尔遗传在线;及NCBI外的其它数据库..
提供期刊全文的出版商网址的链接;来自第三方的生物学数据;序列中心的数据等等..
LibraryofMedicine最重要的书目文摘数据库;内容涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学..收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊;现有书目文摘条目1000万余条;时间起自1966年..
随着国内互联网的普及;网络已逐步地成为一名医务工作者获取多种信息的有效渠道..网络已成为医学研究者追踪国际研究进展;了解世界先进水平的一个重要手段..
传统的医学文献检索MEDLINE尽管在本地局域网提供的情况下;具有高速的特点..但与互联网所提供的免费MEDLINE检索无法相比..
网上免费MEDLINE检索的主要优势包括:
更新速度快;能最快地了解世界各地的研究进展..
PubMed与MEDLINE的异同
MEDLINE是NLM最重要的索引期刊引文数据库和摘要indexedjournalcitations;内容涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学;其内容已覆盖了美国及其它70多个国家和地区的4;500余种期刊..MEDLINE所提供的引文索引内容是世界范围内的;但其中大部分为英语语种期刊;或者是有英文摘要的期刊..MEDLINE检索内容可起始于1966年;引文条目已超过一千万条;但MEDLINE所提供的在线检索内容只起始于1976年;而早于60年代中期1966的引文条目;则可在NLM所提供的OLDMEDLINE服务在线检索..所有在MEDLINE数据库中的文献均已加上了主题词和发表类型..MEDLINE数据库内容是NLM
PubMed的最主要检索内容..
PubMed除了MEDLINE数据库的内容外;还包括:
与MEDLINE生命科学有关的其它研究领域如天文技术的文献资料
在期刊内容还未列入MEDLINE之前的文献资料
一些递交了全文到PubMed中心PubMedCentral;并经NLM评述了的其它生命科学期刊文献资料
由上可见;通过PubMed检索的医学文献资料比单纯地检索MEDLINE所获得的信息内容更多;更广泛;可检索到与生命科学有关的其它学科如天文技术在生命科学的应用..当然;如果检索者需要特定地检索MEDLINE数据库内容;可在检索页面点击“Limit”并从“Subsets”中选择MEDLINE;可达到对MEDLINE数据库的专一限制性检索..关于PubMed与MEDLINE的具体异同;读者也可参阅NLM提供的在线资料见后附录..
PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库..它每天都在不断地接受新数据;可为用户提供基本的文献条目和文摘;其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次..
自动术语匹配
自动术语匹配automatictermmapping是指PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校地;将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则;依次为主题词表MeSHMedicalSubjectHeadingsTranslationTable;期刊表JournalsTranslationTable;短词表praseList;作者索引AuthorIndex..
该表包含了期刊的全名Fullnameofjournals;MEDLINE期刊缩写MEDLINEabbreviations;以及期刊的ISSN号ISSNnumbersforjournals..作用在于将检索框中的检索词自动地与期刊名称匹配;如检索<newenglandjournalofmedicine>;PubMed会自动地将其翻译为<"NEnglJMed"Journal>..
短词表源自MeSH;UMLS和SupplementaryConceptSubstanceNames;如<coldcompressess>..
如果以上均未找到匹配项;且在检索词后还有一个或两个字母;PubMed将会自动地进行作者名称匹配..
都不行
PubMed将短语打散后;再进行匹配;直到有匹配项为止..若还找不到;则将单个术语用<AND>进行组合;在所有检索标签中查找<AllFields>
自由词检索特点
自由词检索即指在对检索词无任何检索标签修饰的情况下进行文献检索;如欲检索“小儿哮喘药物治疗”;只需在PubMed提供的检索框中输入<drugtherapyasthmachildren>即可;PubMed会自动地根据“术语自动匹配”automatictermmapping原则智能化地在可能有关联的检索词之间匹配一个布尔什操作符号BooleanoperatorsAND..
最常用的检索条目
最常用的检索条目包括作者
作者
检索格式:<"姓lastname;全称;名initials;单字母缩写"au>..
如检索“smithja”或“jonesk”..以此格式进行名字的检索;PubMed会自动地将其识别为作者名authorfield检索..如果只输入“名lastname”
1将作者姓名用双引号;并加上检索标签searchtag<au>
读懂PubMed网页内容
在检索文献时;如果检索者比较细心的话;会发现每一个检索条目中;在PMID后;会标记下述三个标签之一..这三个标签是什么意思呢且看下面的详细解释..
PubMed-indexedforMEDLINE:已经加入的MeSH;发表类型;GenBank索取号及其它可索引数据资料的文献
PubMed-inprocess:已递交到PubMed数据库;但尚未加入MeSH等索引数据资料的文献
PubMed-assuppliedbypublisher:特指由出版商提供的;未加入MEDLINE数据库的文献
从上面;又可再次的窥探PubMed与MEDLINE的异同;以及为何检索PubMed时;会比仅检索MEDLINE的文献条目要多
日期及日期范围限定
格式:<YYYY/MM/DDhh:mmdatafield>即:年/月/日小时:分钟;且年、月、日、小时、分钟的数字位数必须写足其标准格式;即分别为4、2、2、2、2位数;当不足两位数时;补上数字零;如<2002/01/1922:01dp>..上述格式中;除“年”外;其它均是可选项;如<1997/10/06edat>、<1998/03/15dp>、<1997edat>、<1997/03dp>等..
日期范围限定检索格式:<YYYY/MM/DDhh:mm:YYYY/MM/DDhh:mmdatafield>;即两个日期之间用冒号隔开;且两个时间段之间可精确到分钟;冒号与两个具体日期之间是否有空格并不影响检索结果..数字位数规则与前相同..如<1993:1995edat>、<1997/01:1997/06dp>、<1997/01/0112:00:1998mhda>等..
LimitingbyDate日期限定使用Entrez下拉式菜单;可以把你的搜索范围设定在30天到10年;出版日期下拉菜单有PublicationDate与EntrezDate两项;以确定使用那种日期记法来设定搜索范围..使用From、To框输入一个时间段;以YYYY/MM/DD的格式输入日期月和日可不填
常用的检索标签
ABAbstact:文献摘要
ADAffiliation:第一作者的研究单位与地址;及资助号
AUAuthor:作者
CYContry:期刊发表的国家
DPPuclicaitonDate:文献发表的日期
EDATEntrezDate:文献录入PubMed的日期
FAUFullAuthorName:所有作者的名字
IPIssue:期刊的期号
LALanguage:文献发表的语言类别
MHMeSHTerms:NLM文献数据库中的医学主题词
MHDAMeSHDate:MeSH加入文献的日期..当医学主题词加入文献后;该日期才与EDAT日期一致
PMIDPubMedUniqueIdentifier:每条PubMed文献的唯一识别符
PTPublicationType:文献发表的类型;如综述;病例报道等
PGPaginationThefullpaginationofthearticle
RFNumberofReferences:特指综述Review类文献所引用参考文献的数目
SBSubset:副主题词
TAJournalTitleAbbreviation:期刊名标准缩写
TITitle:文献标题
UIMEDLINEUniqueIdentifier:MEDLINE文献唯一识别符
VIVolume:期刊的卷号
检索技巧及注意事项小集锦
;OR;NOT;所有字母必须大写..当输入多个布尔氏操作符时;其处理的顺序为从左到右..如欲改变此顺序;则可用括号将需要组合的检索式括起来组成一个相对独立的检索项;如<commoncoldANDvitamincORzinc>..加上括号后;PubMed会优先检索括号中的内容;然后再将其内容与括号外的检索内容进行相应的组合;以得到检索者所需要的特定检索策略结果..
;即检索“DNA”与“dna”是一样的..
;期刊名进行检索时;应当养成用双引号将其括起来的****惯..因为;在无双引号将这些特定内容括起来;以告诉PubMeD搜索引擎“这是一个特定的检索词”的情况下;PubMed将自动地按照“术语自动匹配”原则对检索词识别后再检索;如当检索的期刊名为“GeneTherapy;Science;Cell”时;PubMed会自动地将其标记为MESH后再检索;而不是按照期刊名来检索..为了避免这种情况发生;检索式应当为<"GeneTherapy"jt>;<"Science"jt>或<"Cell"jt>..
<>进行检索..在一个单词之后加上该通配符后;PubMed可检索以通配符前字母开头的至少150种相应单词;但;当使用这一功能时;就不能其“术语自动匹配”功能了..如<flavor>可检索到“flavor;flavored;flavorful;flavoring”等..
;可用双引号将其括起来;不过;此时也同样丧失了“术语自动匹配”功能..
;如阅读一篇原文时;想对其后的某一篇参与文献检索..此时;如果用常规的PubMed检索策略就比较困难和哆嗦一点..不过;通过PubMed所提供的特殊检索功能;可达到此目的--单一文献匹配检索器SingleCitationMatcher和批量文献匹配检索器BatchCitationMatcher..顾名思义;前者可以特定的条件如期刊名、文献的卷号、发表日期、文献首页页码等快速地找到所需文献;而后者;则对同一批文献进行检索;如检索Science期刊2002年第一期杂志..上述两上功能模块均可在PubMed检索页面的左侧导航栏中找到相应的连接标签..此外;还可通过EMAIL方式特定地查找文献资料;在信的正文只输入“help”可获得应用该功能的帮助信息资料文件..
;检索标签应用方括号括起来;且对检索标签字母大小写不敏感不影响检索结果;且检索标签与检索词之间是否有空格亦不敏感不影响检索结果..
推荐参考读物
PubMed概况简介
URL:
PubMed提供了的官方在线帮助文件详细介绍了如何应用它来进行文献检索;以及检索中的技巧与注意事项问题..本文中的大部分内容均源于此帮助文件..
URL:
PubMed提供的在线FAQ文件
URL:
NCBIPubMed检索简介与检索技巧集锦二
近年来;随着INTERNET的普及;一些机构通过INTERNET提供MEDLINE数据库免费检索服务;如美国国立卫生院提供的PubMed检索系统、由广告商提供的HEALTHGATE检索系统和MEDSCAPE检索系统、HELIX检索系统、MEDEC检索系统等、AVICENNA检索系统等..其中PubMed数据更新快;检索系统比较完善;深受广大医务工作者和图书情报人员的欢迎..但由于不少使用者不熟悉PubMed的使用方法;因而不用或少用;即便使用;检索结果也不太满意..本文拟简要介绍PubMed及其具体操作方法..
PubMed检索系统所提供的书目信息数据库主要来源于MEDLINE和PREMEDLINE..其中PREMEDLINE是指将要进入MEDLINE数据库的文献先做成一个数据库;数据为每天更新..PubMed提供了强大的技术支持..使用户可以非常容易地在普通检索界面进行检索普通检索界面可通过布尔逻辑组配执行高级检索界面的功能..
在检索式提问框中输入一个或更多的词;然后按回车键或用鼠标点击`search'按钮;PubMed就会利用`自动词语匹配'功能将重要的词或词组用`AND'组合在一起进行检索..当然;也可使用MeSH/副主题词组配格式MeSH为MedicalSubjectHeadings的缩写;是美国国立医学图书馆编写的医学主题词表;如neoplasms/diettherapymh..“自动词语匹配”是检索系统将输入的检索词根据MeSH注释表、期刊名注释表、常用词组表和作者索引进行匹配..