文档介绍：教授和我亲爱的家人们⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.时伟谨以此论文献给我敬爱的导师孑ぱ芯吭薄⑺锸来.
应用线粒体全序列研究鲽形目鱼类的分子系统关系及演化学位论文完成日期:弋刀·年·枷\指导教师签字:答辩委员会成员签字:
导师箨ァ学位论文磊者签名:Ⅲ秩掌冢篤·瓿г萝伞と学位论文作者签名:师讳签字日舭¨年‘口日独创声明学位论文版权使用授权书麴逡查墓丝益蔓挂型主塑的关ㄖ稀莼蚱渌逃沟难换蛑な槭本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果,也不包含未获得用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定,并同意以下⒀S腥ūA舨⑾蚬矣泄夭棵呕蚧顾徒宦畚牡母从〖痛排蹋市论文被查阅和借阅。⒀?梢越宦畚牡娜ú炕虿糠帜谌荼嗳胗泄厥菘饨屑焖鳎梢采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同时授权清华大学、、中国学术期刊馀贪电子杂志社”用于出版和编入《中国知识资源总库》,授权中国科学技术信息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》。C艿难宦畚脑诮饷芎笫视帽臼谌ㄊ事项:签字日期:年,月多。日、
应用线粒体全序列研究鲽形目鱼类的分子系统关系及演化摘要制区也从通常的吠,蛅狿之间移位到蚝涂睲—洌鲽形目鱼类殖票饶坑悖ナ艏棺刀镅敲、硬骨鱼纲,是鱼类中较大的目之一,也是唯一一个身体不对称的目,两眼位于头部一侧,另一侧无眼。该目在整个鱼类中无论从生物学意义还是经济地位都具有非常重要的意义,许多鱼类都是重要的海产经济鱼类。现已有很多研究利用分子手段分析鲽形目的进化地位,但是大都集中在整个硬骨鱼纲的分类上,其中只有一两种鲽形目鱼类作为代表,部分研究是关于鲽形目的科内及科间的系统关系。然而,关于鲽形目在起源演化及分类地位的研究还未见详细报道。另一方面,在己测序完成的鲽形目舌鳎科半滑舌鳎线粒体全序列里我们发现了其线粒体基因组的基因排列发生了重排和倒位,控并且其序列发生非常显著地变异。为了进一步研究鲽形目的起源及舌鳎科鱼类线粒体的基因重排问题,我们展开并完成了以下工作:颐鞘紫炔舛酥匾5木梦镏执罅怫南吡L迦蛄校其基因组包括蛋白质编码基因,鰎蚝鰐鸵欢慰刂与其他硬骨鱼线粒体基因组基因相比,虺ざ确⑸湟煳窍忠巡舛ǖ多种硬骨鱼全序列中最长的。为了探索鲽形目的起源,我们另外选取了与鲽形目亲缘关系较近的种硬骨鱼类线粒体全序列,基于龅鞍字时嗦牖除的密码子第一位和第二位核苷酸序列和个:闲蛄泄菇吮匆端瓜低撤⒂骱妥畲笏迫幌低撤⒂鳌=峁显示鲽形目为单系群,并且鲽形目和鲈形目的鳢科有最近的共同祖先,因此系统发育分析结果不支持传统的鲽形目起源于海鲂、金眼雕及鲱鱼等的观点,而应该源于鲈鱼之后。同时,我们探讨了应用序列数据进行系统发育分析的可行性,结果显示序列,尤其是的非配对区序列能够提供系区。
⑸圜、双线舌鳎统发育信息,并且利用其数据构建的系统发育树显示的物种间的关系和之前的各种分子及形态学研究结果基本一致,因此序列可以用于研究硬骨鱼目水平的系统发育。颐遣舛松圜J舻拇罅凵圜⑺呱圜⒊す承膑和短钩须鳎线粒体基因组控制区全序列,并与鲽形目其它鱼类控制区结构和序列进行了比较分析。结果表明,四种鱼类的控制区结构和其他鲽形目鱼类差异明显,只有瓵和J匦蛄斜皇侗稹1冉霞罨槌煞⑾终馑闹钟类的含量比鲽形目其它鱼类要高。这些变异都可能导致该类鱼控制区的快速进化。所有四种舌鳎的控制区在硕即嬖诖V馗葱蛄校扛鲋馗吹ピ中都存在类似的喙匦蛄校⑶艺庑┲馗葱蛄兄写蟛糠挚梢孕纬煞浅N定的二级结构,这两种特征为线粒体重复序列的非正常延伸机制提供了新的证据,同时我们也利用该机制推测了这些鱼类重复序列可能的延伸过程。狙芯吭谥把芯康幕∩侠┐蟮难芯糠段В虏舛肆街主?朴憷啵憾朊条鳎⑷毡竟匙祺;五种舌鳎属鱼类斑头舌鳎⒍涛侨呱圜、中华舌鳎和三种须鳎属鱼类短钩须鳎⑷毡须鳎⒊す承膑的线粒体全序列。十种鳎类的线粒体全序列长度从最短的短吻三线舌鳎,桨咄舌鳎的,坏龋种舌鳎和须鳎线粒体基因组的基因排列和大部分硬骨鱼类相比都发生了重排和倒位,控制区也从正常的和之间移位到蚝蛅瓽之间。我们利用类似于随机复制丢失的模型来解释其产生:首先控制区由上游转座到掠危捎诳刂魄囊莆坏贾赂粗撇晃榷ǎ率瓜嗔诘膖,蚆⑸说刮桓粗疲笏孀沤≡瘢馗吹拿苛礁退化掉一个,形成了现在的舌鳎类基因排序。臼笛槭以谘芯拷悄疽饿吡L蹇刂魄保颐欠⑾制渲械拇V馗葱蛄懈/.
杂而有规律,因此我们又测定了个个体隹寺〉慕悄疽饿馗葱蛄欣刺教制涮卣骷氨浠媛伞M保颐谴覰组数据库中下载并总结了所有的种脊椎动物线粒体基因组全序列数据,并筛选出其中的重复序列,通过比较分析脊椎动物线粒体重复序列来讨论脊椎动物重复序列的产生