文档介绍：江苏大学
硕士学位论文
HCV五个主要基因的适应性进化研究及临床样本
11jsszIDU017HCV的NS5B基因的克隆分析
姓名:王真真
申请学位级别:硕士
专业:生物化学与分子生物学
指导教师:张驰宇
20120605
摘要江苏大学硕士学位论文自上世纪年代丙型肝炎病毒首次被发现以来,至今已有三十余年的历史。对氖视π越芯渴橇私釮传播及发病机制的关键,然而到目前为止,尚不清楚髦饕;蛟诖似诩浞⑸嗽跹氖视π员浠约澳男┪坏阍谑应性进化中起到更为关键的作用。为了探讨上述问题,我们针对奈甯鲋饕基因,,,琋琋親数据库:/..痗/下载这些基因所有含年代记载的序列,并将其按时间分类,对其进行了系统进化分析并总结了五个基因正选择位点随时间和亚型的一些变异规律。此外,传播已达全球,但是其亚型分布却有着地理特异性,不同地区有着不同的主要亚型,这种现象可能由各亚型的诓煌厍艿降难≡裱沽Σ煌鸬摹R虼我们又从地理角度着手,针对不同亚型,利用适应性进化方法鉴定了亚洲,欧洲以及北美洲三个地区的甯鲋饕;,,琋琋的正选择位点,并比较了这些基因在三个地区受到的正选择压力的差异,由此探究其进化历程。按照时间对蟹肿咏治觯浣峁允綡术五个主要基因,,琋琋钠骄拗稻∮,且无论基因型、还是,五个基因的平均∞值从大到小的次序均为,因此可以推测,在整体上这五个基因均受到纯化选择,且它们所受到纯化选择压力由小到大是U飧鼋峁砻鱄的,,琋约癗因对保持慕峁购凸δ艿耐暾杂凶胖匾5淖饔茫虼嗽谡迳系谋湟觳荒过大,否则会使得其功能丧失;而纯化选择压力大小的比较结果则表明虽然这这五个基因在整体上均受到纯化选择,较保守,但是相对于非结构基因琋和,结构基因,的变异性还是要大一些,因此可以从一方面推测在逃逸宿主免疫清除中结构基因,的变异所起的作用要比非结构基因大。此外,对姓≡裎坏闵秆〔凑誋标准序列卸ㄎ唬峁允荆亚型的基因在年代这一序列集没有鉴定出正选择位点外,其它每一个序列集都鉴定出了正选择位点。并且随着时间的推移,每一个基因的正选择位点数目并不恒定,而是不断增加的,其位置也不断更替。对于不同亚型的同一个基因,其正选择位点的数目和位置相差很大。其中,亚型基因的正选择位点数目最多,
甯鲋饕;虻氖视π越芯考傲俅惭基因的克隆分析亚型次之,亚型最少虼耍梢酝撇庠谕皇奔淅啾鹉冢切虷受到的正选择压力最大,亚型的次之,亚型的最小。另外,对同一基因在不同时间类的正选择位点进行比较,发现了很多共有的正选择位点,意味着这些共有的正选择位点在讨锌赡芷鸬胶苤匾5淖饔谩从地理角度对亚洲,欧洲和北美洲三个地区的奈甯鲋饕;,,琋琋进行的正选择位点差异比较,我们发现每个序列集的平均∞均小于得髡庑椿蚓艿酱炕≡瘢私峁С至饲耙徊糠止赜贖五个主要基因在整体上均受到纯化选择的结论。另外,我们发现对于同一亚型的同一个颍湓谡馊龅厍恼≡裎坏愫褪烤煌耆嗤砻鱄在亚洲,欧洲,北美洲三个地区经历了不同的进化历程。对于亚型的,,琋琋甯龌颍窃诒泵赖厍艿降恼≡裱沽扰分薮蟆而对于亚型来说,琋三个基因受到的正选择压力在北美地区的最大,欧洲地区次之,亚洲地区最小。对于亚型的基因,其在亚洲地区和欧洲地区受到的正选择压力相似,在北美地区的受到的正选择压力最小。而对于亚型的基因,它在北美地区受到的正选择压力最大,在欧洲次之,在亚洲最小。这些研究的结果将加深我们对睦斫猓参狧变异的预测提供了一定指导。此外,本文对临床样品腍基因进行了克隆和测序,为功能的研究提供了材料。关键词:丙型肝炎病毒,时间,适应性进化,亚洲,欧洲,北美洲,基因克隆Ⅱ’
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江苏大学硕士学位论文
第一章绪论攀江苏大学硕士学位论文姆⑾帧⒚⒒蚪峁年,热朔⑾サ氖溲:蟾窝谆颊咛迥诓⑽轍,染的血清学标志,因此认为还有其它类型的肝炎病毒存在,即非甲非乙型肝炎病毒,,。年,美国公司和从刑崛〕龊怂幔⒉捎弥刈榧际豕乖炝薳目猓妹庖呱秆』竦了幕颉尽А月在东京召开的非甲非乙型肝炎国际会议上,将此病毒命名为丙型肝炎病毒,,它导致的肝炎称为丙型肝炎。丙型肝炎简称丙肝,是严重威胁人类健康的一类传染病。据世界卫生组织估计,目前全球约有谌烁腥颈危磕晷鲁鱿值母腥菊咴万,在我国,感染人数己达颉1蔚牟≡迨潜透窝撞《荆碒。感染蟮病人不立即发病,一般要经过周的潜伏期,临床症状表现为胃纳差,全身无力,肝区不适,病人有黄疸,抗粜裕珹升高等。临床病人约%可发展为慢性肝炎,或者更严重的肝硬化和肝癌,而其余半数病人是自限性,可以自动康复。由于诨蜃榻峁挂约氨硇吞卣魃虾腿嘶撇《炯拔敛《纠嗨疲旯际病毒及分类委员会将其归类为