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研究生学位论文
论文题目(中文)
川木香属(菊科)的DNA条形码研究
论文题目(外文)
DNA barcoding of the genus Dolomiaea (Asteraceae)
研究生姓名
尚宝龙
学科、专业
生物学生态学
研究方向
分子生态学
学位级别
硕士
导师姓名、职称
王玉金教授
论文工作
起止年月
2012 年 9 月至 2015 年 5 月
论文提交日期
2015 年 5 月
论文答辩日期
2015年 5 月
学位授予日期
校址:甘肃省兰州市
原创性声明
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本学位论文研究内容:
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论文作者签名: 导师签名:
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川木香属(菊科)的DNA条形码研究
中文摘要
川木香属是青藏高原及其邻近地区的一个特有属。该属多种植物具有非常重要的药用价值。然而,川木香属植物种间分类和物种间的亲缘关系依然不明确,使用运用传统的形态学方法很难实现这些植物的准确鉴定。DNA条形码技术(DNA barcoding)作为一种新型有效的分子生物学方法为川木香属物种的准确和快速鉴定带来了新的曙光。在本研究中,我们采集到了川木香属15个物种,共计122个个体。我们通过邻接法(Neighbor-joining;NJ)、贝叶斯(Bayesian inference;BI)和TaxonDNA三种不同的分析方法对5套个叶绿体片段matK (M), rbcL (R), trnH-psbA (H), trnL-F 和 psbK-psbI (P),1套个核基因ITS片段以及它们的组合数据在川木香属植物中的通用性和物种分辨率进行了研究。结果表明,除叶绿体matK片段外,其它单片段在川木香属植物中均表现出高的引物通用性;三种不同的分析方法中,TaxonDNA方法得到的物种分辨率最高,另外两种分析方法(NJ, BI)得到的物种分辨率相差不大;所有单片段条形码中,核基因ITS片段显示出最多的变异位点、最大的种间变异及最高的物种分辨率(%-%),其余5套叶绿体片段物种分辨率由高到低依次为:psbK-psbI(%-%)>matK(%-%)>trnL-F(%-%)>trnH-psbA(%-%)>rbcL(%-%);在27套组合数据中,生物条形码联盟(CBOL,2009)推荐的植物核心条形码matK+%-%,而叶绿体与核基因的组合matK+%-%,这一结果等于所有单片段组合(matK+rbcL+trnH-psbA+trnL-F+ psbK-psbI+ITS)的物种分辨率。最终,基于TaxonDNA方法的“Best match”分析,表明叶绿体与核基因的组合matK+ITS片段能够成功鉴定川木香属15个物种中的13个物种(%),我们建议叶绿体与核基因的组合matK+ITS片段可作为该属植物的条形码片段。可见DNA条形码技术为川木香属植物的物种鉴定提供了一种快速、可靠、有效的分子鉴定手段。
关键词:川木香属,DNA条形码,分辨率,组合
DNA barcoding of the genus Dolomiaea (Asteraceae)
Abstract
Dolomiaea(Asteraceae), is an endemic genus mainly distributed in the Qinghai-Tibetan P