文档介绍：一种基于层次图聚类的蛋白质复合体检测算法
杨贵
山西大学计算机与信息技术学院
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摘    要:
蛋白质复合物在生物生命活动中扮演着重要作用, 基于蛋白质互作用(PPI, Protein-Protein Interaction) , 提出了一种基于层次图聚类的蛋白质复合物检测算法, 其中结合网络拓扑结构和蛋白质复合物信息, 给出一种网络结点的权重定义方式;边在蛋白质互作用网络的拓扑属性与层次图聚类算法相结合, 提出了一种基于层次图聚类算法的蛋白质复合体识别算法HGCD (Hierarchy Graph Clustering based method for plexes Discovery) .在Utez酿酒酵母PPI网络中进行蛋白质复合物识别结果表明, HGCD算法可以发现网络中的蛋白质复合体.
关键词:
蛋白质互作用网络; 层次图聚类; 蛋白质复合体;
作者简介:杨贵(1975—) , 男, 山西大同人, 山西大学计算机与信息技术学院实验师, CCF专业会员, 博士, 主要从事生物信息学方面的研究.
收稿日期:2017-06-23
基金:国家自然科学基金项目(61673249, 61572005)
A Detection Algorithm of plex Based on Hierarchy Graph Clustering
YANG Gui
School puter & Information Technology, Shanxi University;
Abstract:
plexes play important role in biological life cycle, and plex detection based on protein interaction ( PPI) network is a hot research topic at present. In this paper, a plex detection algorithm based on hierarchical graph clustering is proposed, work topology and plex information, a weight definition method work nodes is given. Combined with the topology of the edge in work and hierarchical graph clustering algorithm, a plex hierarchical graph recognition algorithm ( Hierarchy Graph Clustering based method for plexes Discovery, HGCD) based on clustering algorithm is presented. The experimental results on haromyces Cerevis