文档介绍：实验:生物碱模拟乙酰胆碱
由于有几种不同类型的分子可以和乙酰胆碱在受体位点上竞争,乙酰胆碱被认为可与多个不同活性位点相作用的柔性分子。其中尼古丁就可在脑中模拟。比较(S)-尼古丁和乙酰胆碱。分别用MM力场几何优化N-CH3部分分别在吡啶环上面和下面的构象,记录N-N间的原子距离。与乙酰胆碱的羰基氧和氮原子的距离比较。同样,用毒蕈***(muscarone)代替尼古丁进行类似的比较。
实验:优势构象
二氢吡啶类(DHP)钙离子通道阻滞剂,仇缀百196抗心绞痛药物硝苯地平(Nifedipine)结构如下,通过分子力学方法计算其构象,再用分子动力学方法计算,其参数见下图。
构效关系研究表明二氢吡啶环上的苯取代基可以因位阻效应而利于这种构象式的存在。硝苯地平的X射线晶体学研究表明在晶态下的优势构象也是这种垂直的取向,如下图所示。
实验用动力学方法测定原子间的距离
根据药效学研究,当半胆碱鎓盐分子中季***,具有肌神经传导的抑制作用,请通过分子动力学计算原子间距离判断下列化合物是否具有肌神经传导的抑制作用。
实验:乙酰胆碱构象搜寻
乙酰胆碱(Acetylcholine)为胆碱能神经递质,在调节自主神经系统(包括交感神经和副交感神经)功能上起重要作用。作为柔性分子,构象研究主要在酯的氧原子和季碳原子延着Cα-Cβ旋转。计算乙酰胆碱优势构象。
Armstrong Armstrong P D and Connon T G. Nature 1968,220,(5162):65-66
合成刚性乙酰胆碱结构类似物发现反式环丙烷类似物具有更高的活性。请计算说明乙酰胆碱分子与受体契合时的药效构象。
实验:喹诺***类抗菌剂构效关系研究李江波药学学报 1998, 33(7):498-501
喹诺***类药物是两类重要抗生素之一,新一代喹诺***的抗菌作用和疗效可与第三代头孢菌素媲美,该类药物已引起越来越多的研究者的关注。其基本结构大致可分为萘啶酸类、吡啶并嘧啶酸类、喹啉酸类和噌啉酸类。用HyperChem程序中的AM1法,对下表中不同种类的化合物进行完全构型优化计算,计算羰基氧电荷与活性的关系。
实验:用SciQSAR计算Qsar回归方程
获得性免疫缺陷综合症,又称艾滋病(AIDS),它是由一种被称为人类免疫缺陷病毒(HlV)感染所引起的,理论上,HIV复制的许多步骤可为抗病毒作用提供机会,目前主要针对逆转录酶和HIV蛋白酶抑制剂进行药物设计。下表列出30个化合物抑制HIV-1蛋白酶的数据 M. Katharine Holloway, etc, J. Med. Chem. 38, 305-317 (1995)
,请建立QSAR方程。
编号
R1
R2
R3
R4
Pci50
1
CH2Ph
H
H
3
CH2Ph
CH3
H
4
CH2CH2CH2Ph
H
OH
5
CH2-4-CF3Ph
H
H
6
(E)CH2CH=C