文档介绍：、基因转录调节的基本模式
第一节引言
Introduction
二、基因转录调节机制的研究方法
实验方法:
荧光素酶报告基因(luciferase report gene)
凝胶迁移(electrophoreticmobility shift assays)
染色质免疫沉淀(ChIP)
DNase 足迹法(DNase footprinting)
信息学分析
第二节转录调控的高通量实验测定
High-throughput Techniques in Transcriptional Regulation Analysis
一、ChIP技术
创立者:
20世纪80年代末
Alexander Varshavsky等人
(Cell. 1988,53(6): 937-947 )
甲醛交联,稳定蛋白质-DNA复合物
裂解细胞,分离蛋白质-DNA复合物
加入特异性抗体,沉淀蛋白质-DNA复合物
去交联,纯化DNA
应用PCR技术,特异性扩增目的DN***段
基本实验过程:
特点:
针对某一特定候选转录因子,是否特异性结合于所调节的靶基因某一预定区域内,如启动子区,进行检测。
对同一DNA底物, 可以运用多种不同的抗体, 分别进行免疫共沉淀,以确定多种结合蛋白在同一染色质片段上的结合。
二、ChIP-chip技术
创立者:
2000年,Richard A. Young等人
(Science. 2000, 290(5500): 2306-2309 )
ChIP和芯片技术的联合运用
全基因组范围内的定位分析
靶基因群的高通量分析
特点:
不足之处:
成本较高
结果分析的标准化尚待完善
分辨率较低,大于200 bp
基因芯片是“封闭系统”, 只能检测已知序列
三、ChIP-seq技术
创立者: 2007年,Steven . Jones等人
(Science. 2000, 290(5500): 2306-2309 )
特点:
染色质免疫沉淀后的DNA,直接进行高通量测序
是一个“开放系统”。它可以检测更小的结合区段、未知的结合位点、结合位点内的突变情况和蛋白亲合力较低的区段
成本低,周期短,省去了标记和杂交等步骤,并且无需多次重复实验,极大提高了工作效率
分辨率可提高到30~50bp