文档介绍：文件格式:文件输入,输入格式为Nexusfile(ASCII,asimpletextfile,如图):或者还有其他信息:interleave=lade或者Mesquite生成。但Mrbayes并不支持thefullNexusstandard。同时,Mrbayes象其它许多系统软件一样允许模糊特点,如:如果一个特点有两个状态2、3,可以表示为:(23),(2,3),{23}或者{2,3}。但除了DNA{A,C,G,T,R,Y,M,K,S,W,H,B,V,D,N}、RNA{A,C,G,U,R,Y,M,K,S,W,H,B,V,D,N}、Protein{A,R,N,D,C,Q,E,G,H,I,L,K,M,F,P,S,T,W,Y,V,X}、二进制数据{0,1}、标准数据(形态学数据){0,1,2,3,4,5,6,5,7,8,9}外,并不支持其他数据或者符号形式。执行文件:execute<filename>或缩写exe<filename>,注意:文件必须在程序所在的文件夹(或者指明文件具体路径),文件名中不能含有空格,如果执行成功,执行窗口会自动输出文件的简单信息。设定外类群OutgroupTM1(即序列名字)选定模型:通常至少需要两个命令,lset和prset,lset用于定义模型的结构,prset用于定义模型参数的先验概率分布。在进行分析之前可以执行showmodel命令检查当前矩阵模型的设置。或者执行helplset检查默认设置(如图):略Nucmodel用于指定DNA模型的一般类型。我们通常选取标准的核苷酸替代模型nucleotidesubstitutionmodel,即默认选项4by4。另外,Doublet选项用于pairedstemregionsofribosomalDNA的分析,Codon选项用于DNAsequenceintermsofitscodons的分析。替代模型的一般结构一般由Nst设置决定。默认状态下,所有的置换比率相同,对应于F81模型(JCmodel)。一般我们选用GTR模型,即nst=6。Code设置只有在DNA模型设置为codon的情况下才使用。Ploidy设置也与我们无关。Rates通常设置为invgamma(gamma-shapedratevariationwithaproportionofinvariablesites),Ngammacat(thenumberofdiscretecategoriesusedtoapproximatethegammadistribution)一般采用默认选项4。通常这个设置已经足够,增加该选项设置的数量可能会增加似然计算的精确性,但所花时间也成比例增加,大多数情况下,由增加该数值对结果的影响可以忽略不计。余下的选项中,只有Covarion和Parsmodel与单核苷酸模型相关,而我们既不会采用parsimonymodel,也不会采用thecovariotidemodel,故保留默认状态。在对矩阵作了以上修改后,重新输入helplset命令,可以查看变化后的设置。设置先验参数prior:现在可以为模型设置先验参数了。模型有6种类型的参数:thetopology,thebranchlengths,thefourstationaryfrequenciesofthenucleotides,thesix