文档介绍：实验五:蛋白质序列分析dujuannx@基因与蛋白质组学数据分析实验项目五:蛋白质序列分析一、实验目的和要求:掌握蛋白质基本性质分析;基本理化性质和疏水性分析。掌握蛋白质信号肽的预测,亚细胞定位的预测,跨膜结构及卷曲螺旋结构的预测。了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测掌握基于序列同源性分析的蛋白质功能预测。2(一)蛋白质基本理化性质分析蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础蛋白质的基本性质:相对分子质量氨基酸组成等电点(PI)消光系数半衰期不稳定系数总平均亲水性……实验方法:相对分子质量的测定、等电点实验、沉降实验缺点:费时、putePI3基于一级序列的组分分析氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考ExPASy(ExpertProteinAnalysisSystem)开发的针对蛋白质基本理化性质的分析:Protparam工具ls/:相对分子质量理论pI值氨基酸组成原子组成消光系数半衰期不稳定系数脂肪系数总平均亲水性5主要选项/参数序列在线提交形式:如果分析SWISS-PORT和TrEMBL数据库中序列直接填写Swiss-Prot/TrEMBLAC号(accessionnumber)如果分析新序列:直接在搜索框中粘贴氨基酸序列输入Swiss-Prot/,将蛋白质序列粘贴在搜索框中6输入Swiss-Prot/TrEMBLAC号—分不同的功能域肽段以P02699为例输出结果功能域用户自定义区段7点击不同功能域得到以下结果氨基酸数目相对分子质量理论pI值氨基酸组成正/负电荷残基数8*消光系数半衰期原子组成分子式总原子数不稳定系数脂肪系数总平均亲水性<40stable>40unstable10