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一、实验目的和要求:
掌握蛋白质基本性质分析;基本理化性质和疏水性分析。
掌握蛋白质信号肽的预测,亚细胞定位的预测,跨膜结构及卷曲螺旋结构的预测。
了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测
掌握基于序列同源性分析的蛋白质功能预测。
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(一)蛋白质基本理化性质分析
蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础
蛋白质的基本性质:
相对分子质量氨基酸组成
等电点(PI)消光系数
半衰期不稳定系数
总平均亲水性……
实验方法:
相对分子质量的测定、等电点实验、沉降实验
缺点:费时、耗资
基于实验经验值的计算机分析方法
软件Bioedit
网络工具ProtParam,ComputePI
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基于一级序列的组分分析
氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考
ExPASy(ExpertProteinAnalysisSystem)开发的针对蛋白质基本理化性质的分析:
Protparam工具
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蛋白质理化性质分析
Protparam工具
计算以下物理化学性质:
相对分子质量理论pI值
氨基酸组成原子组成
消光系数半衰期
不稳定系数脂肪系数
总平均亲水性
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主要选项/参数
序列在线提交形式:
如果分析SWISS-PORT和TrEMBL数据库中序列
直接填写Swiss-Prot/TrEMBLAC号(accessionnumber)
如果分析新序列:
直接在搜索框中粘贴氨基酸序列
输入Swiss-Prot/TrEMBLAC号
,
将蛋白质序列
粘贴在搜索框中
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输入Swiss-Prot/TrEMBLAC号—分不同的功能域肽段
以P02699为例
输出结果
功能域
用户自定义区段
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点击不同功能域得到以下结果
氨基酸数目
相对分子质量
理论pI值
氨基酸组成
正/负电荷残基数
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消光系数
半衰期
原子组成
分子式
总原子数
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不稳定系数
脂肪系数
总平均亲水性
<40stable
>40unstable
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(二)蛋白质疏水性分析
疏水作用是蛋白质折叠的主要驱动力
分析蛋白质氨基酸亲疏水性是了解蛋白质折叠的第一步
氨基酸疏水分析为蛋白质二级结构预测提供佐证
是分析蛋白质跨膜区重要一步
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