文档介绍：实验五：蛋白质序列分析
杜娟
基因与蛋白质组学数据分析
实验项目五：蛋白质序列分析
一、实验目的和要求：
掌握蛋白质基本性质分析；基本理化性质和疏水性分析。
掌握蛋白质信号肽的预测，亚细胞定位的预测，跨膜结构及卷曲螺旋结构的预测。
了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测
掌握基于序列同源性分析的蛋白质功能预测。
2
（一）蛋白质基本理化性质分析
蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础
蛋白质的基本性质：
相对分子质量氨基酸组成
等电点（PI）消光系数
半衰期不稳定系数
总平均亲水性 ……
实验方法：
相对分子质量的测定、等电点实验、沉降实验
缺点：费时、耗资
基于实验经验值的计算机分析方法
软件 Bioedit
网络工具ProtParam， Compute PI
3
基于一级序列的组分分析
氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考
ExPASy（ Expert Protein Analysis System ）开发的针对蛋白质基本理化性质的分析：
Protparam 工具
4
蛋白质理化性质分析
Protparam 工具
计算以下物理化学性质：
相对分子质量理论 pI 值
氨基酸组成原子组成
消光系数半衰期
不稳定系数脂肪系数
总平均亲水性
5
主要选项/参数
序列在线提交形式：
如果分析SWISS-PORT和TrEMBL数据库中序列
直接填写Swiss-Prot/TrEMBL AC号(accession number)
如果分析新序列：
直接在搜索框中粘贴氨基酸序列
输入Swiss-Prot/TrEMBL AC号
，
将蛋白质序列
粘贴在搜索框中
6
输入Swiss-Prot/TrEMBL AC号—分不同的功能域肽段
以P02699为例
输出结果
功能域
用户自定义区段
7
点击不同功能域得到以下结果
氨基酸数目
相对分子质量
理论 pI 值
氨基酸组成
正/负电荷残基数
8
*
消光系数
半衰期
原子组成
分子式
总原子数
不稳定系数
脂肪系数
总平均亲水性
<40 stable
>40 unstable
10