文档介绍：生物信息学论文学院:生命科学技术学院专业:生物科学班级:2013级老师:高亚梅学生:蔡欣月学号:20134083003链孢霉GH5-1及GH6-3基因生物信息学分析蔡欣月(黑龙江八一农垦大学,生命科学技术学院,2013级生物科学专业,黑龙江省,大庆市)【摘要】目的:分析和预测链孢霉菌GH5-1和GH6-3基因及其编码蛋白质的结构和特征。方法:利用NCBI、CBS和ExPASy网站中的各种信息分析工具,,分析预测链孢霉菌GH5-1和GH6-3基因并预测该基因编码蛋白结构的特征和功能。结果:GH5-1基因全长2006bp,编码区具有390个氨基酸,在GenBank同源序列中,其与endoglucanase3[NeurosporacrassaOR74A]基因氨基酸序列一致性达到100%,且有GH5-1保守域。GH5-,。预测GH5-1编码蛋白α螺旋(H)、β折叠(E)、无规则卷(L)%、%、%,2个GTPase结构域。GH5-1蛋白为亲水蛋白,无跨膜区,有信号肽。GH6-3基因全长1914bp,编码区具有419个氨基酸,在GenBank同源序列中,其与exoglucanase3[NeurosporacrassaOR74A]基因氨基酸序列一致性达到100%,且有GH6-3保守域。GH6-,。预测GH6-3编码蛋白α螺旋(H)、β折叠(E)、无规则卷(L)%、%、%,1个GTPase结构域。GH6-3蛋白为亲水蛋白,有跨膜区,无信号肽。结论:成功预测GH5-1和GH6-3基因及其编码蛋白生化及其结构特征,为下一步对其进行克隆和表达奠定基础。【关键词】链孢霉菌;糖基水解酶家族5(GH5-1);糖基水解酶家族6(GH6-3)生物信息学链孢霉菌又称脉孢菌、串珠菌、红色面包菌,俗称红霉菌,是食用菌生产中重要的竞争性杂菌之一。其广泛分布在自然界土壤中和和禾本科植物上,尤其在玉米芯上极易发生[1]。通过空气、土壤、腐烂植物、谷物等进行传播、在食用菌生产中,链孢菌和绿菌是生产中最常见的病原菌。链孢霉在高温高湿条件下最易发生,是夏季食用菌生产中危害严重的病原菌,该病原菌生活力强、生长迅速、繁殖快、分生孢子多、易传播,几乎会感染所有熟料栽培的食用菌,并且一旦感染很难彻底消灭,给生产造成较大的经济损失,严重危害所有食用菌的母种、原种、栽培种,以及香菇、木耳、银耳、银耳、灵芝等熟料菌简[2]。目前链孢霉菌的全基因组序列已经获得,但有关其蛋白和基因的各类研究仍为数较少,本文通过对链孢霉GH5-1和GH6-3基因及编码蛋白质进行生物信息学分析,分析其基本生化及结构特征,为下一步对其进行克隆表达和应用奠定基础。(./uniprot)获得链孢霉菌的GH5-1与GH6-3基因序列。GH5-1基因编号为NCU00762,,其他物种的GH5-1的氨基酸序列均来自Genbank,登录号见表1。GH6-3基因编号为NCU09680,NCBI的登录号为