文档介绍：·序列比对的目的:
从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点
和不同点,以推测他们的结构、功能以及进化
上的联系
通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是
否具有同源性
·相似性:直接的数量关系,如:序列之间相似部分
的百分比
同源性:质的判断,两个基因在进化上是否曾有共
同祖先的推断
本地运行 BLAST
下载
(ftp: //ftp ncbi nIm. nih. gov/blast/executa
bles/blast+/LATEST/)
安装(安装到C:\)
数据库的格式化( formatdb)
程序运行( blastal1)
h
ab1g/bast+/ LATEST/的引
pancbi-blaxt-2. 2. 29+-31689Epn
12-330:01
5465
ancbi-blast-2. -vin32ene
xt-
tar. c
回
2°t- P-solar
7[t
双击安装到C盘
产生三个文件夹
bn含可执行程序(将数据库及需要比
5比e
对操作的数据放入该文件);
. data
data文件夹含打分矩阵及演示例子的
. doc
doc文件夹含关于各子程序的说明文
的0·身P
将数据库文件(db)及目标序
=列文件(im)保存在 Blast/bin
文件夹下
irtt的
本地数据库的构建
查看db文件
由 fasta格式的序列组成
LNtKSMQFDDSIG'
数据库的格式化
formatdb命令用于数据库的格式化
formatdb [option] [option2] [ 3]
formatdb常用参数
i database name需要格式化的数据库名称
pT\F待格式化数据库的序列类型
(核苷酸选F;蛋白质选T;默认值为T)
例: formatdb-idb-pT
对蛋白质数据库“db”进行格式化
程序运行
blastal命令用于运行五个 blast子程序
blastall Loptionl] Loption2 [option3
可在dos下输入 blastal查看各个参数的意义及使用
blastal1常用参数
四个必需参数
p program name,程序名,根据数据库及搜索文件序列性质进行选择:
d database name,数据库名称,比对完成格式化的数据库
input file,搜索文件名称
o output file, BLAST结果文件名称
两个常用参数
e expectation,期待值,,可采用科学计数法来表示,如2e-5
- m alignment view options:比对显示选项,其具体的说明可以用以下的比对实例说
例: blastall -p blastx- d db -i in-oout-e2e-5-m9(表格显示比对结果)
采用bas程序,将i中的序列到数据库bd中进行比对
结果以表格形式输入到out文件
上机实****2本地运行 blastx
进入DOS命令行提示符状态(“运行”→cmd)
进入C盘“cd
·进入包含序列数据的bin目录下“ cd blast bin”
察看目录下内容“dir
格式化数据库db" formatdb-db-p
输入数据库类型:Fr
·运行basx
blastx-i in-d db -o out -e 2e-5-m 9
Blast程序序列输入数据库结果输出
·察看结果“ more out”或在 windows下双击打
素
入程序、文件夹
定取消。浏览)
roost win
2001 Microsoft Corp.
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dows8P[
C)版权所有1985-2001 Microsoft c
C: \Document
输入“cd”-)回车
回到安装目录C盘
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徽软拼音半
C)版权所有1985-2001 Microsoft Corp
C: \Documents and Settings\yin>cd
d blast\bin
输入“ cd blastin”-)回
车
到达bast程序下bin文件夹