文档介绍：乳腺癌转移相关基因的生物信息学分析及功能研究课题来源:专名称学位申请人指导教师答辩委员会主席答辩委员会成员生物化学与分子生物学余海浪马文丽教授庞义教授符立梧教授黄树林教授曹以诚教授程远雄教授论文评阅人高国全教授胡志奇教授郑磊教授月日广州业南方医科大学级博士学位论文
钾葸乳腺癌转移相关基因的生物信息学分析及功能研究博士研究生:余海浪指导教师:马文丽教授要摘研究背景与目的乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤性疾病,远处组织器官转移与乳腺癌患者乳腺癌的预后指标主要以临床分期、病理类型和淋巴结转移等为主,但这些指标难以对肿瘤细胞的转移潜能或转移状态进行准确评估。大约有%.%的乳腺癌患者在首次确诊后昊蚋な奔涠蓟岚橛衅渌现丶膊』蚍⑸洞ψR疲因此,乳腺癌患者终身都会经历乳腺癌转移的风险。转移与复发已成为乳腺癌病人术后生存的主要障碍,研究与乳腺癌细胞侵袭、转移相关的分子靶点对预防乳腺癌术后复发、提高疗效有重要意义。乳腺癌转移与其它恶性肿瘤一样是多基因、多因子相互作用和相互影响的复杂过程,也是肿瘤防治工作中面临的难题,只有有效控制、阻断肿瘤转移才可能实现肿瘤的治愈。肿瘤在演进过程中,一些肿瘤细胞具有了侵袭和转移能力,而这种转移表型的获得在很大程度上是由于肿瘤细胞内基因发生异常改变引起的。因此,从分子水平揭示肿瘤转移的本质,研究肿瘤转移相关基因成为肿瘤转移研究的热点。近年发展起来的基因芯片技术显示了其在分析疾病方面博士学位论文的治疗和预后有着密切的关系,也是导致乳腺癌患者死亡的主要原因。目前,的优越性。
到共同上下调表达的乳腺癌转移差异基因。然后利用舢、相关基因的有效手段,具有高通量和快速测量等优点。由于表达谱芯片在研究细胞基因表达模式上具有的优势,利用它可获取肿瘤细胞生长的各期以及肿瘤发生与发展过程中相关基因的表达模式变化,因此,基因表达谱芯片已广泛应用于肿瘤发生机制、早期诊断、肿瘤基因分型、指导治疗及评估预后等研究领域。随着表达谱芯片技术的广泛开展,产生了丰富的、海量的、复杂的生物信有的生物学奥秘的一门交叉学科,它以生物芯片研究为基础,以序列比对、统了新的研究思路,从而更加全面地从整体上对疾病进行研究。本研究以三组乳腺癌转移相关的基因表达谱数据,数据的差异表达基因,再结合生物信息学工具和文献挖掘等方法对差异基因及其相互作用关系进行分析,从中发现新的乳腺癌转移相关基因,最后再运用分子生物学实验对基因进行功能研究,为乳腺癌转移的发病机制提供新的思路,也为转移性乳腺癌的分子诊断和个体化治疗奠定基础。研究方法摘要基因芯片是世纪生命科学领域的一项重要的技术平台,是筛选差异表达息数据。如何解读芯片上成千上万个基因点的杂交信息,揭示其中蕴含的生命特征和规律,己成为限制基因芯片技术应用和发展的主要“瓶颈I镄畔⒀是综合利用生物学、计算机科学和信息技术来揭示大量而复杂的生物数据所赋计分析方法、可视化作图、生物聚类、通路分析及启动子预测等方法为手段,在分子水平进行数据挖掘、对疾病进行阐述,为肿瘤分子发病机理的研究开阔7治霾牧希捎肎砑秆∪橄侔┰⒘龊妥R屏鲂酒匀橄侔┳R葡喙氐娜樽橹瓯拘酒泶锲资例淋巴结阴性、未复发的原发癌样本和例淋巴结阴性但发展成远处转移的乳腺癌样本;⑷橄侔┭荆R迫橄侔┭荆籊例原发乳腺癌样本,R迫橄侔┭为研究材料,导入软件筛选乳腺癌原发瘤和转移瘤的差异表达基因,然后交叉比较三组数据,得Ⅱ·
码的蛋白间的相互作用主要集中在琒,荆噱,兀洱,、和确椒ǘ圆钜旎蚪猩镅Х治龊屯缤计坠菇ǎ萑薈基因编码区序列,.@胮了痔匾煨訡及治薰匦蛄兄柿畇ü粜钥寺∶盖屑ḿ癉测序鉴定来验证构建的重组质粒是否符合实验要求。谘衾胱又侍褰榈枷拢弥刈橹柿WH綜泶锏娜巳橄侔甅细胞株,筛选出阳性稳定转染重组质粒的细胞进行克隆,分别采技术检测和蛋白表达的变化,用比色法和平板克隆形成试验检测细胞增殖活性,流式细胞仪测定细胞周期变化和细胞凋亡情况,平板粘附模型检测细胞的粘附能力,采用运动小室实验检测研究结果橄侔┳R葡喙鼗虻纳秆〖吧镄畔⒀Х治利用生物分析软件共筛选出差异基因觯渲斜泶锷系骰因个,表达下调基因个。运用、壬镄畔⒀Чぞ叨这些差异表达基因进行通路分析和功能注释,发现这些差异基因主要与细胞周期与增殖、细胞粘附、细胞迁移、血管形成及信号转到等生物通路有关。为进一步了解差异基因间的相互作用网络,用在线工具对鋈橄侔┳移相关差异基因编码的蛋白质间的相互作用进行了分析,结果发现这些基因编及等个蛋白,再用镄畔⒐ぞ叨哉龌蚪衅湮理相关和转录子相关网络图谱的构建,结果显示,在更为复杂的网络图谱中仍博士学位论文再通过文献挖掘工具鉴定出新的乳腺癌转移基因。靥逯柿9菇柿..蚿瓹用和细胞的运动侵袭能力。、、、、、.●
然可见其中霾钜旎蚴琈ⅰ藜号驤,琍及.