文档介绍：上海交通大学
博士学位论文
基于基因组上下文预测蛋白质相互作用方法的优化、整合与应
用
姓名:孙景春
申请学位级别:博士
专业:生物化学与分子生物学
指导教师:徐晋麟;李亦学
20050901
基于基因组上下文预测叠白质相互作用方法的优化、整合与应用要摘键供了必要的序劫信息基础。这些信息使得我们能够对一个生物体内所有随着人类基因组测序工作的初步完成,基因组学的研究重点逐渐测序基因组学转向功能基因组学基因组学的重要研究领域之一的蛋自质组学已成为当今生对象,对蛋白质从整体、动态、网络的水平上进行研究,进而对生命的复杂活动得以全面和深入地认识。蛋白质相互作用是蛋白质组学研究的一个心作用。因此,研究蛋白质相互作用不仅为研究未知蛋白的生物学功能提供了线索,也为充分了解一个细胞或一个生物途径的生物学机制,提供了大量全基因组序列的获得为在蛋白质组范围内研究蛋白质相互作用种实验技术和生物信息学方法能够进行大规模蛋白质相互作用的检测和预测。其中生物信息学方法不仅能够为试验数据做补充,也能够为分析高W魑9δ命科学研究的热点和前沿领域。蛋白质组学是以细胞内全部蛋白质为研究重要部分,因为蛋白质相互作用在生命细胞中几乎所有的过程中都起着核必要的信息。蛋白质相互作用的特征进行研究,被称为是蛋白相互作用图、蛋白质相互作用网络:蛘呦嗷プ饔米。目前,已经建立出几—上海交通大学博士学位论文
通量试验数据提供新的途径。所有这些方法的结果都为生物学研究提供了新的信息,尤其是对大量功能未知的蛋白质的研究。的确定对该方法预测性能的影响,近而优化了该方法,提高了其圭兰兰銎銮兰兰圭:釜目前得到广泛应用的用来预测蛋自质相互作用的生物信息学方法,主要是基于基因组上下文,包括基因融合、基因邻居、基因共发生等信息。随着基因组序列数据的逐渐增加,有必要对这些方法进行深入研究。因此本文首先是对系统发生谱方法进行优化,以提高系统发生谱方法预测的性能;然后建立一种整合四种基于基因组上下文数据的预测方法,来进一步提高预测的准确度;最后应用该整合方法来预测钩端螺旋体赖株的蛋白质相互作用网络,并对其进行详尽的分析。全文的工作包括以下三个方面:低撤⑸追椒ㄒ丫还惴河美丛げ獾鞍字氏嗷プ饔茫腔姑有报道对该方法的预测性能进行系统的研究。本论文首次研究了参考基因组对该方法预测性能盼影响。同时还研究了同源蛋白质壳坝τ没蜃樯舷挛睦丛げ獾鞍字氏嗷プ饔玫姆椒ǎ讼低发生谱方法,还有基因融合方法、基因邻居方法以及操纵子方法。由于每一种计算方法都基于不同的生物学假设,因此每一种方法预测的结果都具有一定的偏向性。因此,本文首次应用不同的正集合作为评价的标准,综合评价结果对每一种方法预测性能赋予权重,进而对预测结果赋予一个综合得分。预测性能。
搅思窠φ戏椒ǖ氖德唇。疚淖畈静糠钟τ谜诰卜椒ㄔ测钩端螺旋体赖株结莱表明,应用生物信惫学方法预测、分析钩端螺旋体赖株的蛋骞震捆蔓佟震网终韪够必进一步研究茭致瘸辘理提袋大耋霄徐擅蛋质缀水平上蛋白质相互作用网络,并对其进行详尽的分析。研究的信息。关键词:蛋白质榴罩作用,生枸信息学。鼍自纛龌攀,系绫发生谱方法,基因融合方法,基因邻居方法,操纵子上海蹙通大学博士学位论黛基
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一锍诖ヮ怀昂靖2撇鼢鹚髟铩移群舷。,刃答辩委员会主席’∥经签名上海交通大学学位论文答辩决议书’.■孙春所在学科生物化学与分子生物学申请者ㄒ论文题目基于基因组上下文预测蛋白质相互作用方法的优化、整合与应用答辩日期地上海交通大学徐汇校区科学馆答辩委员会成员姓单职称签●研究员李亦学中国科学院上海生命学院生物信息中心教授林志新上海交通大学生命科学技术学院王翼飞上海大学数学系许煜泉石铁流评语和决议:论文在运用生物信息学方法预测蛋白质相互作用的基础上,对系统发生谱方法进行了优化,提高了系统发生谱方法的预测敏感性和准确性,通过捧台现有的四种方法建立了一个预测蛋白质相苴作用的平台。为进一步研究钩端螺旋体的致病机理以及运用生物信息学方法开展微生物的研究提供了~个有价值的【:具。论文抓住了生命科学的前沿领域,,具有重要的理论意义和实际应埘价值。论文思路清晰,研究内容全面,设计合理,方法先进,具有一定的创新性。文中图表清晰,数据可信,结论明确,是~篇优秀韵博士论文,替辩时表述清楚、能正确地网答问题,已达到博十论文的水平,经答辩委员会成员讨论和投票表决,~致同意通过孙景春同学的搏畚拇鸨纾⒔ㄒ槭谟璨学僚。表决结果:景点名位.。
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