文档介绍：上海大学
硕士学位论文
基因芯片整合分析方法在癌症基因表达谱分析中的应用
姓名:朱煜
申请学位级别:硕士
专业:生物化学与分子生物学
指导教师:郭景康
20080501
摘要发展,目前已经积累了海量的基因表达数据,如何对这些已有的数据进行產;另外一大类方法是专门针对芯片数据的特点设计的,首死喾椒ㄍ吵莆;蛐酒菡戏椒,再根据研究目的应用相应方法小样本奈侍猓悄芊窠⒂行Х掷嗄P偷墓丶1疚牡谌率褂没因芯片数据整合方法,对具有相似研究目的的成人以及儿童急性髓性白血预报模型。论文还通过有效聚类说明,龆懒⑹笛榈陌籽2⊙切图涞男藕癌症病患存活年限的长短和存活质量,是由多种因素决定的,除了进行的各种治疗外,据临床观察,还有多种因素影响着癌症的预后。最近,科研工作者开始利用基因芯片数据,研究特异组织癌细胞的预后特性,但关基因芯片技术可以实现高通量的基因表达分析,随着基因芯片技术的更深层次的分析和挖掘,使得芯片数据从原本“产生假设墓ぞ咧鸩阶变为“验证生物学假设男畔⒖猓堑鼻吧镄畔⒀а芯康囊幌钪匾9作。将来自不同实验,具有相似研究目的的芯片数据作为一组对象进行二次分析研究,是实现这一转变的关键方法之一,即进行基因芯片整合分析,从而获得更具有普适意义的结果。目前,有多种方法或策略可应用于芯片整合分析,其中一大类是应用统计学方法对具有相似研究目的的不同芯片实验结果进行荟萃分析先通过一定数据转换的方法,将不同芯片实验的数据合并成一个表达矩阵进行后续分析。研究表明,这两类方法在筛选特征基因方面都取得了较好的效果,而后者还适用于构建预报不同表型的分类模型。利用基因表达谱对癌症进行分类、分型或分期研究具有客观、快速、简便和高特异性等优点,其中一项重要问题就是要解决数据集“高维度,病芯片实验数据进行整合,以扩大样本容量降低维度与样本量的比值。利用实际表达芯片数据,发现中位值整合方法欠治龆嘣词莸挠行Х法,整合后的数据可以为数量较少的儿章样本构建具有较高准确率的分类差异强于芯片系统问信号的差异。上海人学硕上学位论文
关键词:基因芯片、数据整合、荟萃分析、癌症分型、标记基因分析于普遍的肿瘤预后的分子生物学机制仍待研究。本文第四章在现有研究成果基础之上,应用荟萃分析椒ㄑ芯组不同表型癌症间的共差异表达基因,发现个基因在不同癌症病人的恶性治疗结果组中都显示了一致地差异表达。上海入学硕貉宦畚
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签名:未趾日期:本论文使用授权说明原创性声明本人声明:所呈交的论文是本人在导师指导下进行的研究工作。除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其他人已发表或撰写过的研究成果。参与同一工作的其他同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示了谢意。本人完全了解上海大学有关保留、使用学位论文的规定,即:学校有权保留论文及送交论文复印件,允许论文被查阅和借阅:学校可以公布论文的全部或部分内容。C艿穆畚脑诮饷芎笥ψ袷卮斯娑签名:
第一章绪论课题研究的目的和意义肿瘤是由环境因素与遗传因素相互作用导致的一类疾病,研究表明是多种转变成致命的转移型,或从良性发展成恶性癌症】。而肿瘤的预后本身又受多芯片数据从原本“产生假设”的工具逐步转变为“验证生物学假设”的信息库,证、实现可重复性实验的重要统计学手段。本文第二章对基因芯片、肿瘤分析、预后以及本课题研究的一些生物信息学课题做了大致介绍。在第三章中,探讨了基因芯片数据整合方法在预报儿童急性髓性白血病亚型分类中的应用。论文第四章应用荟萃分析方法具体探讨癌基因突变累积的结果【浚谡飧龉讨凶钗O盏谋浠褪侵琢龃泳植可ば因素影响。如何从整体水平认识肿瘤发生的可能病因,寻找肿瘤早期诊断、监测、干预,以及治疗等新途径,是目前肿瘤学研究关注的热点和难点。采用基因芯片技术进行高通量的基因表达检测分析是从整体水平探讨有关肿瘤发生、转移、诊断及预后等方面研究的前沿技术之一【俊;蛐酒戏析在生物检测芯片中的应用虽然刚刚起步,却引起人们的广泛关注,它将给传统医学带来一场新的革命。通过全球范围内的癌症基因组研究,将帮助我们掌握人类的全部基因图谱和所有异常突变的情况。在这种情况下,基因:占片更会发挥它强大的功能。从癌症的病因到使艾滋病病毒产生抗药性的基因变异,基因芯片不仅将用于许多创新性的研究,还将代替传统的体检和疾病诊断办法,尽早预知疾病。如何对这些已有的癌症基因组表达数据进行更深层次的分析和挖掘,使得是当前应用基因芯片技术进行肿瘤研究的一项重要工作。芯片整合分析就是验症预后共同分子机制挖掘的过程和结果。论文的最后,我们对所做的工作做了总结,并且提出了一些进一步深入研究的思路。上海人学硕貉宦畚
国内外研究概况在芯片整合分析方法方面,有多种方法或策