文档介绍：浙江大学
博士学位论文
WRKY基因家族的进化及水稻WRKY基因表达谱的研究
姓名:吴坤陆
申请学位级别:博士
专业:生物化学与分子生物学
指导教师:郭泽建
20050501
嬲蘐基因家族的进化及水稻晰肌浚虮泶锲椎难芯摘要水稻耽仃基因家族的系统发生分析:以软件分别对结构域转录因子,首先从植物中分离得到,是一类岷系鞍祝苡雡~盒特异结合。转录因子含有一个或两个保守的航峁褂颍琖峁褂蚝大约个氨基酸残基即在吒霭被岵谢诵男蛄兄蠼右桓鯟或类型的锌指模体。转录因子在高等植物中形成一个大的基因家族,基因数量众多。大量的实验证据说明蛋白在对生物或非生物胁迫的反应及生长和发育中起重要作用。水稻职转录因子家族的全基因组分析:以结构域对水稻基因组际水稻基因组计划的粳稻精细图谱的基因组餍蛄兴阉鳎曰耧降男蛄薪谢个可能的水稻基因,以每个基因在染色体上的位置顺序编号,得到了较为系统完整的水稻基因家族。分析发现水稻结构域的编码区有两种保守类型的内含子剪接方式,一个结构域编码区通常只有其中的一种类型的内含子或没有,这对正确注释基因很有帮助。及基因构建系统发生树玫蕉呃嗨频南低撤⑸关系,从而也说明结构域在一定程度上体现腑舯虻慕叵担琖结构域是转录因子的重要功能单位和基因的进化单位。以结构域的系统发生关系及锌指结构特征为基础对基因进行亚家族分类,水稻基因可分为三个组鲅亲椤<碔组包括和两个亚组,组包括、因预测。结合/盎虮泶锏确椒ㄑ橹ぃüɑ蜃榉治觯鹆蚻四个亚组,榘↖虸礁鲅亲椤M倍愿髯榧把亲榈结构特点进行了分析,还分析了水稻基因的基因重复及基因重排等现象。水稻与拟南芥基因家族的比较:为了对基因家族进行比较,还同时收集了拟南芥基因家族数据并作了系统发生分析,得到类似于水稻基因家族的亚家族聚类关系。通过水稻与拟南芥作比较,以域和基因构建系统
和片段的蛑馗床模庑┙峁崾舅镜牡谌楸关键词:基;转录因子;系统发生分析;进化;表达谱发生树的结果表明,水稻的第三组基因急剧扩增是由于数量较多的先后的原生生物及植物代表物种的结构域的分析和比较:从原生生物蓝氏贾衣藻基因组中分别鉴别出一个基因,说明这一基因家族的古老起源。原生生物与多个植物代表物种的域的比较结果以及其它相关的结果提示域的获得或缺失是基因家族扩张和分化的动力,在单子叶和双子叶分化之前基因即快速扩增。基于这些结果,我们认为含有一个域的基因,其河蚴抢醋杂诤辛礁鯳虻腤基因的┒薟颉T诟叩戎参锏腤蛑斜J氐哪诤拥募艚游坏阄猈基因的进化、注释、分类提供一条线索。水稻虻谋泶锲籽芯浚阂詂卣笱芯鏊網虻谋泶情况,检测到个基因受到稻瘢菌的显著诱导,表明这些基因可能与防卫反应的信号传导有关。还检测到个基因受到茉莉酸的早期诱导,这些基因可能参与茉莉酸信号传导途径或与之相关。其中有鯳蚣仁艿疚辆基因的进化要比拟南芥的活跃,这⋯组亲的基因可能在单子叶植物巾有特第鞭毛虫、粘菌屠骋蚬诱导又受茉莉酸的诱导。殊的功能。
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谢热点课题,在我有所进展也有所松懈时又及时给我补充删蚣易宸治龅男驴翁猓致生物学的教育,科学研究素养得到了很好的提高,学业上的指导,生活上的关心,让我先后三年来,得到浙江大学生物技术研究所笛槭沂π值芙忝妹堑奈匏桨镏钡玫学从浙江大学华家池到中国农业大学一路同行,互相帮助,结下深厚情谊,王海华同学在我我进入一个既陌生而又令人艿纳镄畔⒀铝煊蛞槐冉现参锘蜃橛敕肿咏蔽矣新的要求,正是导师自始至终坚持不懈地指导和督促,使我得以顺利完成课题研究;在发表稿,认真修改,、开拓创新的学者风范、严谨求实的治学作风、宽容豁达的处世态度、对科学研究的执着追求和敬业精神,,让我接受了生物信息学及分子给予指导和帮助,感谢牵靖同学所做的一些前期基础工作。与昊学龙、谢科、王海华三位同三年中,得到浙江大学生物技术研究所许多老师和同学的热情帮助和支持,,特别感谢彭友良教授、赵文生老较快地完成新实验室的建设,顺利开展课题